国有永久耕地复耕用水问题，需根据具体情形，结合相关法律法规及政策要求，从合法取水、用水管理、纠纷处理等角度综合处理，具体如下：

1. 合法取水
   • 取水许可：依据《中华人民共和国水法》第四十八条，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。国有永久耕地复耕用水，若需直接从上述水源取水，必须依法申请取水许可证。例如，某农场计划对国有永久耕地进行复耕，需从附近河流取水灌溉，就应向当地水行政主管部门提出取水许可申请，经批准后方可取水。
   • 取水限制：在干旱等特殊时期，为保障居民生活用水和重点用水单位的需求，可能会对取水进行限制。此时，复耕用水的取水需遵循相关限制规定，优先保障生活用水和重点用水。比如，在严重干旱年份，当地政府发布限制取水通知，规定农业灌溉用水量不得超过一定标准，复耕用水就需在此标准范围内取水。
2. 用水管理
   • 用水计划：复耕主体应制定合理的用水计划，根据耕地的面积、作物种类、生长周期等因素，科学确定用水量和用水时间。避免过度用水造成水资源浪费，或用水不足影响作物生长。例如，对于种植小麦的国有永久耕地，根据小麦的生长阶段和需水规律，制定详细的灌溉计划，在不同生长时期合理安排灌溉水量和时间。
   • 节水措施：积极采用节水灌溉技术和设备，如滴灌、喷灌等，提高水资源的利用效率。同时，加强对灌溉设施的维护和管理，防止漏水、跑水等现象发生。比如，安装滴灌设备，将水直接输送到作物根部，减少水分蒸发和流失，相比传统的大水漫灌方式，可显著节约用水。
   • 水质保护：复耕用水应符合国家规定的水质标准，避免使用受污染的水源灌溉耕地，防止对土壤和作物造成损害。若取用的水源受到污染，应及时采取治理措施，确保水质达标后再用于灌溉。例如，发现取用的地下水受到工业废水污染，应立即停止使用，并联系环保部门对污染源进行排查和治理，同时寻找其他合格的水源用于复耕灌溉。
3. 纠纷处理
   • 协商解决：若在复耕用水过程中与其他用水主体发生纠纷，如与周边农户因灌溉用水顺序或水量分配产生矛盾，首先应通过友好协商的方式解决。双方可以坐下来，根据实际情况和公平合理的原则，协商确定用水方案和分配比例。例如，两个相邻的农场因灌溉用水发生纠纷，经过协商，决定按照耕地面积的比例分配水源，共同解决用水问题。
   • 行政调解：如果协商无法达成一致，可以请求当地的水行政主管部门或相关政府部门进行调解。政府部门会根据法律法规和实际情况，对纠纷进行调查和调解，提出合理的解决方案。比如，上述两个农场协商不成后，向当地水利局申请调解，水利局经过调查了解，根据当地的用水管理规定，重新确定了双方的用水量和灌溉时间，化解了纠纷。
   • 司法诉讼：当协商和行政调解都无法解决纠纷时，当事人可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。法院将依据相关法律法规和事实证据，对纠纷进行审理并作出判决。例如，经过行政调解后，一方农场仍认为调解结果不公平，向法院提起诉讼，法院经过审理，依法判决确定了双方的用水权益和责任。