您好，关于您提出的“入职档案有案底吗”这个问题，我需要先明确一下，“案底”通常指的是个人是否有违法犯罪的记录。而入职档案，一般是指个人的人事档案，它记录了个人的学习经历、工作经历、奖惩情况等重要信息。

首先，要明确的是，正常的人事档案中是不会包含违法犯罪的“案底”记录的。违法犯罪记录通常是由司法机关进行记录和管理的，与人事档案是分开的。人事档案主要关注的是个人的教育背景、工作经历等，用于评估个人的能力和适合度，而不是用于记录个人的违法犯罪情况。

然而，在入职过程中，有些公司可能会进行背景调查，这包括了对个人信用记录、诉讼记录等的核查。这些调查并不是直接查看您的人事档案，而是通过其他渠道获取相关信息。如果个人有涉及诉讼或信用问题，这些信息可能会在背景调查中被发现，并可能影响公司的录用决策。但这并不意味着这些信息会被直接记录在您的人事档案中。

另外，关于档案的存放和转移，我也可以给您一些建议。毕业后或离职后，档案应该存放在具有人事档案管理权限的机构，如公共就业和人才服务机构或有人事管理权限的用人单位。在入职新公司时，如果新公司要求转移档案，您应该按照公司的要求办理相关手续，将档案从原存放机构转移至新公司或指定的档案管理机构。

总的来说，入职档案本身不会包含违法犯罪的“案底”记录，但公司在入职过程中可能会进行背景调查，了解您的信用记录和诉讼记录等信息。这些信息可能会影响公司的录用决策，但不会直接记录在您的人事档案中。希望这个解答能够帮助您更好地理解入职档案和背景调查的相关内容。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。