结论：征地款不到位的情况下，起诉后对方能否施工需分情况讨论，主要取决于施工行为是否合法、是否取得必要审批手续以及法院是否采取保全措施等因素。具体分析如下：

1. 若施工方未取得合法施工手续，无论征地款是否到位，均属于违法施工
   根据《土地管理法》及《城乡规划法》规定，建设项目需依法办理农用地转用审批、征收土地批准、建设工程规划许可等手续。若施工方未取得上述手续，即使已支付部分征地款或被征收人已起诉，其施工行为仍属违法，相关部门可依法责令停止施工、罚款甚至追究刑事责任。此时，被征收人可通过行政投诉（如向自然资源部门举报）或申请法院禁止令（诉前或诉中保全）阻止施工。

2. 若施工方已取得合法手续，但征地款未全额支付，被征收人起诉后能否阻止施工需结合法院措施判断

   • 法院未采取保全措施时：施工方若已依法取得施工许可，且征地程序（如公告、听证、补偿安置方案审批）已完成，仅因补偿款未全额到位被起诉，法院通常不会直接禁止施工。但被征收人可主张施工方构成“未足额支付补偿款”的违约或侵权，要求其限期支付并赔偿损失。
     
   • 法院采取保全措施时：若被征收人申请诉前或诉中财产保全/行为保全，法院可能责令施工方暂停施工直至纠纷解决。例如，若被征收人能证明施工会导致其权益进一步受损（如房屋被强拆后无法恢复），法院可能支持禁止施工的申请。

3. 特殊情形：征地程序违法导致施工合法性存疑
   若征地行为本身存在程序违法（如未依法公告、未组织听证、补偿标准过低），即使施工方已取得部分手续，被征收人仍可主张征地行为无效，进而要求法院禁止施工。此时需通过行政诉讼确认征地程序违法，再以此为由阻止施工。

建议行动：

• 收集证据：保留征地公告、补偿协议、付款凭证、施工许可文件等材料，证明征地款未到位及施工合法性存疑。
  
• 申请保全：若担心施工导致权益受损，可向法院申请行为保全，要求暂停施工。
  
• 同步主张权益：在起诉要求支付征地款的同时，可主张施工方承担侵权责任（如停止侵害、赔偿损失）。
  

如有进一步细节（如是否已签订补偿协议、施工方手续是否齐全等），可向我补充说明，以便更精准分析。