关于公司员工休病假公司扣除13薪是否合法的问题，这主要取决于13薪的性质以及公司规章制度的具体规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 如果13薪属于固定薪酬部分：

   • 通常不应当扣除：13薪若被视为员工固定薪酬的一部分，类似于年终奖或固定奖金，且与员工的出勤情况无直接关联，那么在员工休病假期间，公司扣除这部分薪酬可能被视为不合法。因为固定薪酬是员工应得的劳动报酬，不应因病假而受到影响。
   • 例外情况：然而，如果公司有合法有效且经过民主程序制定并已公示的规章制度，明确规定在员工请病假期间固定薪酬（包括13薪）会按一定比例扣除，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据该制度扣除13薪可能被视为合法。但这种情况较为特殊，需要具体制度内容来判定。

2. 如果13薪与绩效、工作成果挂钩：

   • 可以扣除：若13薪的发放与员工的工作绩效、工作成果紧密相关，如作为绩效奖金的一部分，那么在员工休病假期间，由于工作产出受影响，公司扣除这部分薪酬通常是合法合理的。因为绩效奖金的发放本就与员工的工作表现挂钩，病假期间员工无法正常工作，自然不应享受全额的绩效奖金。
   • 需合理衡量：在扣除时，公司应有合理的衡量标准和计算方式，不能随意夸大病假对绩效的影响而过度扣除。应根据员工实际完成的工作情况来合理计算并发放13薪中与绩效相关的部分。

3. 法律保护与规章制度：

   • 病假工资受法律保护：员工在按照公司规定提供有效病假证明的情况下，其病假工资是受法律保护的。具体病假工资的计算方式应根据员工在公司的工作年限来确定，并参照公司规章制度和劳动合同中的相关条款。
   • 规章制度的重要性：公司规章制度是处理此类问题的关键依据。如果规章制度中明确规定了病假期间13薪的发放或扣除情况，且该制度合法有效，那么公司应依据制度执行。因此，建议公司在制定相关规章制度时明确13薪的性质、扣除条件及计算方式，并确保制度的合法性和有效性。

建议与结论：

• 对于员工而言，在请病假前应了解公司的规章制度和劳动合同中关于薪酬发放的规定，以维护自己的合法权益。如果公司扣除13薪的行为违反了相关规定或合同约定，员工可以与公司协商解决或向劳动争议调解委员会申请调解，甚至向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
• 对于公司而言，在制定规章制度时应充分考虑员工的合法权益和公司的实际情况，确保制度的合法性和合理性。同时，在执行制度时应严格按照规定操作，避免出现违法违规行为。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。