公司规定迟到一分钟扣一小时时薪，其合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。以下是对此问题的详细分析：
制度的制定与公示
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要程序。如果公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示，那么该制度可能因程序不合法而被认定为无效。
- 制定的制度还需要以合理的方式向劳动者进行公示或告知，如通过张贴公告、组织培训学习、电子邮件通知等方式，确保劳动者充分知晓并理解制度内容。如果劳动者对制度不知情，那么公司依据该制度扣工资的行为也可能不合法。
扣工资数额的合理性
- 《工资支付暂行规定》明确规定了因劳动者原因给用人单位造成经济损失时的赔偿限额，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。对于迟到这种通常不会给公司造成实际经济损失的行为，如果公司设定的扣工资标准过高（如迟到一分钟扣一小时时薪，且该时薪数额较大），则明显不合理且可能违反上述规定。
- 具体来说，如果一小时时薪的数额较高，导致扣除后劳动者的实际到手工资低于当地最低工资标准，或者扣除的数额明显超出了公司因劳动者迟到而可能遭受的合理损失（如因迟到导致的生产延误、客户流失等间接损失，但这些损失通常难以精确量化，且不应直接通过扣工资来全额弥补），那么该扣工资行为可能被认定为不合法。
合法与不合法的具体情况
- 合法情况：公司通过合法的民主程序制定了迟到扣工资的制度，且该制度已向劳动者进行了公示或告知。同时，制度中关于迟到扣工资的规定合理，扣工资数额较少，基于公司管理成本等合理因素考量（如为了维护工作秩序、提高员工出勤率等），并且扣工资后劳动者实际到手工资不低于当地最低工资标准。在这种情况下，公司规定迟到一分钟扣一小时时薪可能被认定为合法。
- 不合法情况：公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示；扣工资数额不合理，明显超出法定限额或公司因劳动者迟到而可能遭受的合理损失；或者制度本身存在其他违法情形（如歧视性条款、违反公序良俗等）。在这些情况下，公司规定迟到一分钟扣一小时时薪可能被认定为不合法。
员工权益保护建议：
- 如果员工认为公司扣工资行为不合法，首先可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的具体依据和合理性。
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司改正违法行为。
- 员工也可以寻求我的帮助，通过法律途径维权，如提起劳动仲裁或诉讼等。在维权过程中，员工需要保留好相关证据（如工资条、考勤记录、公司制度等），以便证明自己的主张。
综上所述，公司规定迟到一分钟扣一小时时薪的合法性并非绝对，而是需要根据具体情况进行判断。公司在制定相关制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及充分的公示与告知；员工也应了解自己的权益，对于不合法的扣工资行为要勇于维权。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。