针对您提出的“员工发生作风问题，和女员工发生关系该如何处理”这一问题，这确实是一个需要严肃对待并依据相关规定进行妥善处理的情况。以下是我根据相关法律法规和党内纪律处分条例，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工之间发生不正当性关系，尤其是利用职权、教养关系、从属关系或者其他相类似关系与他人发生性关系的，不仅违反了社会公序良俗，也可能触犯了相关的法律法规和党内纪律。
一、对于非党员员工：
公司规章制度：公司应首先依据其制定的规章制度进行处理。如果公司规章制度中明确规定了禁止员工之间发生不正当性关系，并明确了相应的处罚措施，那么公司可以依据这些规定对涉事员工进行处罚，包括但不限于警告、记过、降职、解雇等。
劳动法保护：在处理过程中，公司需要确保不违反劳动法的相关规定，如不得无故解雇员工，必须确保处罚措施的合法性和合理性。如果涉事员工认为公司的处理决定侵犯了其合法权益，他们有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
性骚扰认定：如果涉事行为构成性骚扰，公司应依据相关法律法规和规章制度，及时保护受害女职工的合法权益，对涉事员工进行严肃处理。如最高法发布的案例所示，用人单位可以依法解除与有性骚扰行为员工的劳动关系。
二、对于党员员工：
党内纪律处分：如果涉事员工是党员，那么他们的行为还可能违反了《中国共产党纪律处分条例》的相关规定。根据条例，与他人发生不正当性关系，造成不良影响的，将受到警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等处分。特别是利用职权、教养关系、从属关系或者其他相类似关系与他人发生性关系的，将从重处分。
双重处理：对于既是公司员工又是党员的涉事人员，公司可以依据其规章制度进行处理，同时党组织也应依据《中国共产党纪律处分条例》对其进行纪律处分。这种双重处理机制有助于维护公司的正常秩序和党组织的纯洁性。
三、处理建议：
调查核实：在处理此类事件时，公司或党组织应首先进行调查核实，确保事实清楚、证据确凿。
保护受害者：在处理过程中，应充分保护受害者的合法权益，避免其受到二次伤害。
公开透明：处理结果应公开透明，以儆效尤，同时也有助于维护公司的声誉和党组织的形象。
加强教育：公司或党组织应加强对员工的教育和管理，提高员工的道德素质和法律意识，预防类似事件的再次发生。
综上所述，对于员工发生作风问题，和女员工发生关系的情况，公司或党组织应依据相关法律法规和规章制度进行严肃处理，以维护公司的正常秩序和党组织的纯洁性。同时，也应加强对员工的教育和管理，提高员工的道德素质和法律意识。