若您发现自己的档案被他人非法查询，您有权采取法律手段维护自身权益，具体处理方式需根据查询主体和查询目的的不同来区分。以下是详细分析：

1. 若查询主体为公权力机关（如公安机关、检察院、法院等）
   根据《中华人民共和国档案法》及《个人信息保护法》，公权力机关因工作需要查询公民档案时，需严格遵循法定程序，并出示合法证件及查询通知书。若您发现查询行为未履行法定程序（如未出示证件、未说明查询目的等），您有权要求查询机关说明理由，并可向其上级机关或纪检监察部门投诉。若查询行为涉嫌滥用职权或侵犯个人信息权益，您还可依法提起行政诉讼或申请国家赔偿。

2. 若查询主体为企事业单位或个人

   • 合法查询情形：如企业因招聘、背景调查等目的查询员工档案，需经您书面授权并明确查询范围。若查询行为符合《劳动合同法》《个人信息保护法》等规定，您需配合提供必要信息，但仍有权要求查询方保密并仅用于约定目的。
     
   • 非法查询情形：若未经您同意，他人通过窃取、贿赂、胁迫等非法手段获取您的档案信息，您可立即向公安机关报案，追究其刑事责任（可能涉嫌侵犯公民个人信息罪）。同时，您可依据《民法典》第1032条（隐私权保护）及第1034条（个人信息保护），要求侵权方停止侵害、赔礼道歉，并赔偿损失。

3. 若您不确定查询主体是否合法
   建议您首先通过正规渠道核实查询行为是否合法，例如联系档案保管单位（如人才市场、学校档案室等）确认查询记录。若发现异常，可要求档案保管单位提供查询方的身份信息及查询依据，并保留相关证据（如查询记录截图、通话录音等）。若档案保管单位未尽到合理审查义务，您还可追究其连带责任。

温馨提示：档案涉及您的隐私及重要权益，建议定期通过合法途径（如档案保管单位官网、线下查询窗口等）确认档案状态。若发现异常，务必及时采取法律措施，避免损失扩大。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。