在运输合同纠纷中，约定管辖优先于法定管辖，但前提是该约定必须合法有效且不违反级别管辖和专属管辖的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、约定管辖优先
合同约定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这意味着，如果运输合同的双方当事人在合同中明确约定了管辖法院，并且该约定不违反民事诉讼法关于级别管辖和专属管辖的规定（即采用书面形式，明确且合法），那么当纠纷发生时，应按照合同中的约定来确定管辖法院。
约定有效的条件：
- 约定必须采用书面形式，口头约定无效。
- 约定的管辖法院必须与争议有实际联系，如合同签订地、合同履行地、原告住所地、被告住所地等。
- 约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，不能通过协议将本应由中级人民法院管辖的案件约定由基层人民法院管辖。
二、法定管辖原则
在没有约定或约定无效的情况下，法定管辖原则成为确定管辖法院的依据，主要包括以下几点：
被告住所地法院管辖：
- 对于法人或其他组织，其住所地是指主要办事机构所在地；若主要办事机构所在地不能确定，则注册地或登记地为住所地。
- 对于自然人，其住所地是户籍所在地；经常居住地与户籍所在地不一致的，经常居住地视为住所地（连续居住一年以上，住院就医除外）。
- 无论运输合同是否履行，被告住所地法院均具有管辖权。
合同履行地法院管辖：
- 如果合同已经履行，合同履行地法院具有管辖权。在运输合同纠纷中，合同履行地通常包括起运地、到达地或被告住所地（如果被告为承运人且在该地接收货物或交付货物）。
- 如果合同未履行，但双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权；否则，合同履行地法院无管辖权。
运输始发地、目的地法院管辖：
- 因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，可以由运输始发地或目的地的人民法院管辖。
三、特殊情况
- 铁路运输法院专门管辖：在铁路运输合同纠纷中，由铁路运输法院专门管辖，这些法院有自己相对独立的管辖范围和体系。
- 联合运输中的选择权：在联合运输中，如果同时存在多种运输方式，且法律未对管辖法院作出具体规定，当事人可以选择有管辖权的法院提起诉讼。
四、实践建议
- 明确管辖条款：在签订运输合同时，建议明确约定管辖法院，以减少后续纠纷。同时，确保约定的管辖法院符合法律法规的要求，避免无效约定。
- 及时提起诉讼：在发生纠纷后，当事人应及时在法定的诉讼时效范围内提起诉讼，并准备好充分的证据材料，如运输合同、交货凭证、付款记录等，以支持自己的主张。
- 了解管辖原则：当事人应充分了解管辖原则，结合自身实际情况，将民事诉状提交给有管辖权的法院，以提高胜诉的概率和保护自己的合法权益。
综上所述，运输合同纠纷的管辖法院确定是一个复杂而重要的问题。通过正确理解和应用约定优先和法定管辖原则，以及了解特殊情况和实践建议，当事人可以更好地维护自己的合法权益。如果您在运输合同纠纷中遇到管辖问题或其他法律问题，可以直接向我咨询。