村民自治的规定不能直接否定土地承包的合法界定，但可能通过合法程序对土地承包方案进行调整或修改。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与原则
土地承包的法律依据：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规，土地承包经营权是农民依法享有的一项重要权利，受到法律保护。土地承包方案需经村民会议或村民代表会议讨论决定，并报乡（镇）人民政府批准后实施。
村民自治的原则：
- 村民自治是农村基层民主的重要体现，村民会议或村民代表会议有权讨论决定本村的经济、社会、文化等事务，包括土地承包方案。但村民自治必须在法律框架内进行，不得违反法律法规的强制性规定。
村民自治与土地承包的关系
村民自治对土地承包方案的制定与调整：
- 村民会议或村民代表会议可以讨论决定土地承包方案，包括承包地的分配、承包期限、承包费用等。如果原土地承包方案存在不合理之处或需要适应新的发展需求，村民自治组织可以通过合法程序对方案进行调整或修改。
- 但调整或修改必须遵循法定程序，如提前通知村民、召开会议讨论、形成决议并报批等。同时，调整或修改的内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得侵犯农民的土地承包经营权、不得改变土地用途等。
村民自治不能直接否定土地承包的合法界定：
- 如果土地承包方案已经依法确定并实施，村民自治组织不能单方面否定其合法性。即使村民对承包方案有异议，也应通过合法途径解决，如申请仲裁或提起诉讼等。
- 村民自治组织在行使权力时，必须尊重和保护农民的合法权益，不得滥用权力或侵犯农民的合法权益。
实际操作中的注意事项
遵循法定程序：
- 无论是制定、调整还是修改土地承包方案，都必须遵循法定程序，确保程序的合法性和公正性。
保护农民权益：
- 在土地承包过程中，要充分保护农民的合法权益，确保农民能够依法享有土地承包经营权。
依法解决争议：
- 如果村民对土地承包方案有异议或发生争议，应依法通过仲裁或诉讼等途径解决，避免采取非法手段或暴力行为。
可能的法律后果
如果村民自治组织违反法律法规调整或修改土地承包方案：
- 可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。同时，调整或修改的内容也可能被依法撤销或确认无效。
如果农民的土地承包经营权受到侵犯：
- 农民可以依法向有关部门投诉或提起诉讼，要求恢复其土地承包经营权并赔偿损失。
总结与建议：村民自治的规定不能直接否定土地承包的合法界定。在土地承包过程中，应遵循法律法规的强制性规定和法定程序，充分保护农民的合法权益。如果村民对土地承包方案有异议或发生争议，应依法通过仲裁或诉讼等途径解决。如果你在土地承包方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。