结论：公司有清真认证食品也合格，但原料不是清真的，这一行为可能涉及欺诈消费者以及违反清真食品管理规定，具体可能构成欺诈罪或面临行政处罚，需根据具体情况判断。
分析：
欺诈消费者角度：
- 如果公司故意宣传其食品为清真食品，而实际上原料并非清真，这很可能构成对消费者的欺诈。根据《消费者权益保护法》的相关规定，经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或者接受服务的费用的三倍；增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。
- 在极端情况下，如果这种欺诈行为情节严重，涉及金额巨大，或者对消费者健康造成了严重损害，还可能触犯《刑法》中的欺诈罪或其他相关罪名，面临刑事处罚。不过，这种情况较为罕见，通常更多是民事赔偿和行政处罚。
违反清真食品管理规定角度：
- 许多地区都有关于清真食品管理的专门规定，这些规定通常要求清真食品的生产、加工、销售等环节必须符合特定的清真标准。如果公司违反了这些规定，即使其食品本身质量合格，也可能面临行政处罚，如罚款、吊销许可证等。
- 具体的处罚措施和标准会因地区而异，需要参考当地的清真食品管理条例或相关规定。
建议：
- 立即整改：如果公司确实存在上述问题，应立即停止销售相关产品，并更换符合清真标准的原料，以确保产品符合宣传和认证要求。
- 主动沟通：与消费者和监管部门进行积极沟通，解释情况，表达整改意愿，以减轻可能的法律后果。
- 法律咨询：在处理此类问题时，建议公司咨询专业律师，以了解具体的法律责任和应对策略，避免法律风险。
后续行动：
- 如果公司已经面临法律诉讼或行政处罚，应积极配合调查，按照法律程序进行应诉或申诉。
- 加强内部管理，确保类似问题不再发生，维护公司声誉和消费者信任。
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