在离婚案件中，即使双方各自抚养一个孩子且有协议，是否需要支付抚养费仍需根据具体情况来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议约定优先

如果双方在离婚协议中明确约定了即使各有一个孩子也需要支付抚养费的情况，那么这一约定是具有法律效力的。双方应当按照协议履行义务，支付相应的抚养费。这是基于合同自由原则，双方有权在协议中就抚养费的支付问题作出特别约定。

二、一般情况：各自抚养无需额外支付

在夫妻双方离婚后，如果双方各抚养一个子女，且两个子女的年龄、生活需求、教育费用等大致相当，同时双方经济状况也相当，那么通常情况下，双方各自承担所抚养子女的全部费用，互不支付抚养费。这是因为每个父母都有抚养自己子女的责任和义务，当双方各有一个孩子时，这种责任和义务在数量上达到了平衡。

三、特殊情况：可能需要支付抚养费

1. 经济能力差异：

   • 如果一方经济条件明显优于另一方，有能力为子女提供更好的生活条件和教育资源，而另一方则因经济困难无法充分满足子女的需求，那么经济条件较好的一方可能需要向另一方支付一定的抚养费，以共同保障子女的健康成长。

2. 子女特殊需求：

   • 如果其中一个子女有特殊的医疗、教育或生活需求，而这些需求超出了普通抚养费用的范畴，那么可能需要由双方共同分担这部分额外费用。在这种情况下，即使双方各有一个孩子，也可能需要根据实际情况调整抚养费的支付方式和金额。

四、法律义务与公平原则

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务，这一义务不因父母的离婚或抚养权的划分而消失。因此，从法律层面和公平角度出发，未直接抚养孩子的一方通常应支付一定的抚养费，以确保孩子的基本生活、教育和成长需求得到满足。

五、建议与操作指南

• 协商解决：双方在抚养费问题上应首先尝试协商解决，充分考虑孩子的实际需求和双方的经济能力。如果能够达成一致，可以签订书面协议并遵守执行。
• 法律途径：如果协商不成，可以向法院提起诉讼，由法院根据双方的经济状况、孩子的实际需求以及法律规定来综合判断是否需要支付抚养费以及支付的数额和方式。

总结来说，即使双方各自抚养一个孩子且有协议，是否需要支付抚养费仍需根据具体情况来综合判断。如果协议中有明确约定，则按照协议执行；如果没有约定或约定不明确，则根据双方的经济状况、孩子的实际需求以及法律规定来综合判断。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。