法院可以保全营运肇事车辆，具体处理方式如下：

1. 保全的法律依据与条件
   根据《民事诉讼法》第100条、第101条，法院在当事人申请或依职权启动时，可对与案件有关的财产采取保全措施。营运肇事车辆若属于涉案财产（如赔偿纠纷中的责任车辆），或存在转移、毁损风险，法院可依法查封、扣押或冻结。例如，交通事故中受害方申请诉前保全，需提供初步证据证明对方可能承担责任，并提交担保（如保险公司保函），法院审查后48小时内作出裁定。

2. 保全的具体流程

   • 申请阶段：申请人需提交书面保全申请，明确车辆信息（车牌号、登记所有人等）、保全理由及担保材料。若为诉前保全，需在30日内提起诉讼，否则保全自动解除。
     
   • 执行阶段：法院向交警部门或车辆登记机关送达协助执行通知书，扣押车辆或禁止过户。营运车辆可能被实际扣押至指定停车场，或仅限制权属变更（如“活封”）。
     
   • 异议处理：被保全人若认为保全错误（如车辆非涉案财产），可向法院提出书面异议，法院需在15日内审查并作出裁定。

3. 营运车辆的特殊处理规则

   • “活封”优先原则：为减少对营运的影响，法院可能允许车辆继续运营，但要求被申请人提供担保（如等值现金或第三方保证），或限制运营范围（如仅限本地运输）。
     
   • 价值评估与超额保全禁止：保全车辆价值需与诉讼请求金额相当，若车辆价值远超赔偿范围（如豪车肇事但赔偿仅需医疗费），法院可能要求申请人追加担保或调整保全范围。
     举例：某物流公司货车肇事致人重伤，受害方申请保全车辆（价值50万元），但诉求仅30万元医疗费。法院可能仅查封车辆登记，允许继续运营，或要求申请人补交20万元担保。

4. 保全后的争议解决路径

   • 赔偿优先权：若车辆经判决需赔偿，法院可直接拍卖车辆优先受偿，剩余价值返还被申请人。
     
   • 错误保全赔偿：若保全被撤销（如事故责任认定被申请人无责），申请人需赔偿被申请人因保全遭受的损失（如停运损失），法院可依申请划扣申请人担保财产。
     

提示：保全营运车辆需平衡权益保护与经营需求，建议申请人提前评估车辆价值、运营成本及诉讼风险，必要时委托律师制定保全方案。若您涉及此类纠纷，可直接向我咨询具体操作流程。