当原告申请对被告的车辆进行保全后，处理流程主要遵循以下几个步骤：

首先，法院会对被保全的车辆采取查封措施。这通常涉及在车辆登记部门办理相关手续，并在车辆上张贴封条，以明确禁止车辆的转让、变卖或其他任何形式的处分行为。这样做的目的是确保车辆的状态稳定，防止被告在诉讼期间转移或处置财产。

在保全期间，虽然车辆仍由车主保管和使用，但车主必须严格遵守法院的保全令，不得对车辆进行任何损害或处置。车主有责任保持车辆的完好性，直至法院作出进一步裁决。

如果被告在保全期间提供了其他等值的担保财产，并且这一担保得到了法院的同意，那么对车辆的保全措施可能会被解除。此时，车辆将恢复正常的使用和处分状态。

如果案件最终判决车主需承担责任，法院则有权对被保全的车辆进行拍卖、变卖等处置，以所得款项来清偿债务。这一步骤是在确保原告权益得到充分保障的前提下进行的。

另外，如果案件在诉讼过程中达成和解，或者原告主动撤回了保全申请，法院也会解除对车辆的保全措施。此时，车辆同样将恢复正常的使用和处分状态。

关于申请财产保全的费用问题，这通常是由申请人预先缴纳的。费用的承担方式会根据案件的审理结果来确定。如果申请人胜诉，费用一般由败诉方承担；如果申请人败诉，费用则需要由申请人自己承担。如果案件部分胜诉、部分败诉，或者双方当事人都负有责任，法院会根据具体情况来决定费用的承担方式。

总的来说，申请对被告车辆进行保全后，原告需要密切关注案件的进展和法院的裁决。同时，也需要了解并遵守相关的法律程序和规定，以确保自己的权益得到充分保障。