关于事业编约定服务期六年，违约金5万是否合理的问题，这需要分情况讨论：
若该违约金约定符合法律法规及政策规定：
- 根据《事业单位人事管理条例》等相关规定，事业单位与工作人员可以在聘用合同中约定服务期，以及违反服务期约定的违约金。但违约金的数额应当合理，不能过高或过低，且通常应与事业单位为工作人员提供的专项培训费用、提供的福利待遇等实际投入相关联。
- 如果这5万违约金是事业单位基于为你提供的专项培训、特殊福利待遇等实际投入，且该投入与六年服务期相匹配，同时没有超出合理范围，那么这样的约定在法律上是可能被认可的。但具体是否合理，还需结合实际情况，如培训费用的具体数额、福利待遇的具体内容等来判断。
若该违约金约定不符合法律法规及政策规定：
- 如果违约金数额过高，明显超出了事业单位的实际投入，或者事业单位并未为你提供专项培训、特殊福利待遇等，那么这样的违约金约定可能被视为不合理。
- 根据《劳动合同法》的相关规定（虽然事业单位人事管理不完全适用劳动合同法，但其中关于违约金的原则性规定可作参考），违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。如果事业单位约定的违约金违反了这一原则，那么该约定可能无效或部分无效。
法律建议：
- 如果你对违约金的合理性存在疑问，建议首先查阅你与事业单位签订的聘用合同，了解违约金的具体约定和背景。
- 如果认为违约金约定不合理，可以尝试与事业单位进行协商，寻求降低违约金数额或解除违约金约定的可能性。
- 如果协商无果，且你认为自己的权益受到侵害，可以考虑向当地的人事争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果违约金约定合理且你违反了服务期约定，那么你可能需要按照约定支付违约金。
- 如果违约金约定不合理或无效，且你因此被事业单位要求支付违约金，你可以通过法律途径主张自己的权益，要求不支付或减少支付违约金。
总之，事业编约定服务期六年，违约金5万是否合理，需要结合具体情况来判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。