针对您提出的“仲裁不服员工起诉期间，公司支付仲裁裁决的款怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当员工对劳动仲裁裁决不服并在规定期限内（收到仲裁裁决书之日起十五日内）向人民法院提起诉讼时，仲裁裁决的效力会暂时中止。这意味着，在诉讼期间，仲裁裁决并不具有强制执行力，公司无需立即按照仲裁裁决支付款项。

然而，如果公司在员工起诉期间已经支付了仲裁裁决的款项，这通常不会影响后续的诉讼程序。因为诉讼的目的是为了解决争议，确定双方的权利义务关系。即使公司已经支付了款项，如果员工认为仲裁裁决存在错误或不合理之处，仍然有权通过诉讼来寻求更公正的裁决。

针对公司已支付款项的情况，您可以考虑以下处理方式：

1. 继续诉讼程序：

   • 员工可以继续进行诉讼，法院会根据双方提供的证据和法律规定，对争议进行审理并作出判决。
   • 如果法院判决的结果与仲裁裁决一致，那么公司已经支付的款项将视为履行了义务，无需再支付。
   • 如果法院判决的结果与仲裁裁决不一致，那么法院会根据判决结果来确定公司是否需要支付额外的款项或员工是否需要退还部分款项。

2. 与公司协商处理：

   • 在诉讼期间，员工也可以与公司进行协商，尝试达成和解或调解协议。
   • 如果双方能够达成一致意见，可以签订和解或调解协议，并明确双方的权利义务关系。
   • 这种方式可以节省时间和精力，避免长时间的诉讼程序对双方造成不必要的损失。

3. 关注诉讼进展并准备相关证据：

   • 员工应密切关注诉讼的进展情况，及时了解法院的审理动态。
   • 同时，员工应准备好相关的证据材料，以支持自己的诉讼请求。
   • 如果公司已经支付了款项，员工应保留好相关的支付凭证和记录，以备后续需要。

特别提醒：

• 在处理此类问题时，员工应严格遵守诉讼时效的规定，确保在规定期限内提起诉讼。
• 如果员工对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到有效维护，建议咨询专业律师或法律机构以获取更具体的维权指导和帮助。

综上所述，当员工对劳动仲裁裁决不服并在起诉期间公司已经支付了仲裁裁决的款项时，员工可以继续进行诉讼程序或与公司协商处理。无论选择哪种方式，员工都应保留好相关证据材料并密切关注诉讼进展情况。