核心结论：关于三人合伙中两人管理店铺时能否单独决定分配房屋补贴和盈利补贴，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合伙协议有明确约定
   若三人签订的合伙协议中已明确约定“房屋补贴、盈利补贴的分配方式（如按管理职责分配、按出资比例分配等）”，则应优先按协议执行。此时，即使两人负责管理，若协议未授权其单独决定补贴分配，其擅自分配的行为可能构成违约，其他合伙人有权要求按协议重新分配或追究违约责任。
   法律依据：根据《民法典》第九百七十二条，合伙的利润分配和亏损分担，按照合伙合同的约定办理；约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。

2. 若合伙协议无明确约定
   若协议未约定补贴分配方式，则需全体合伙人协商一致。此时，两人作为管理者无权单独决定分配，否则可能损害其他合伙人（如未直接参与管理但出资的合伙人）的权益。若协商不成，可按实缴出资比例或平均分配，但需以全体合伙人同意为前提。
   风险提示：若两人擅自分配补贴，其他合伙人可主张分配行为无效，并要求返还多分部分或重新分配。

3. 特殊情形：管理职责与补贴的关联性
   若房屋补贴、盈利补贴的性质与管理工作直接相关（如补贴用于弥补管理者因履职产生的额外支出），且全体合伙人此前默认或同意此类补贴与管理职责挂钩，则两人可能有权获得部分补贴。但需满足以下条件：

   • 补贴用途明确（如交通、通讯等管理成本）；
     
   • 分配比例合理（与实际支出相符）；
     
   • 未损害其他合伙人权益（如未超额分配）。
     

建议行动：

1. 立即查阅合伙协议，确认是否有补贴分配条款；
   
2. 若无协议或条款模糊，召集全体合伙人开会协商，形成书面分配方案；
   
3. 若协商困难，可委托律师介入，通过调解或诉讼解决争议。
   

如有进一步细节（如补贴性质、协议内容等），可向我补充说明，我会为您细化分析。