若保底协议被认定无效，已付款项的处理需根据无效原因及双方过错程度综合判断，核心结论如下：

1. 协议因违反法律强制性规定无效（如保底收益违反金融监管规定）

   • 已付款项需返还：根据《民法典》第157条，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当返还。若双方均无过错（如均不知协议违法），已支付的款项（如投资本金、保底收益）原则上需全额返还，但需扣除实际发生的合理费用（如资金占用期间的利息损失）。
     
   • 过错方承担损失：若一方明知协议违法仍签署（如承诺保底收益的机构），需赔偿对方因此遭受的损失（如资金机会成本）；若双方均有过错，则按过错比例分担损失。
     示例：若投资者因机构承诺保底收益而投入100万元，协议被认定无效后，机构需返还100万元本金，但若机构能证明投资者明知风险仍参与，可能仅需返还部分本金并分担利息损失。

2. 协议因主体不适格无效（如无资质机构承诺保底）

   • 返还本金为主：若机构无金融业务资质却承诺保底，协议无效后，机构需返还投资者已支付的本金，但保底收益部分因违法无效，无需支付。
     
   • 行政处罚风险：机构可能因违规经营面临监管部门处罚（如罚款、停业整顿），但此与民事返还义务无关。
     示例：某投资公司无基金销售资质却承诺“保本收益”，投资者投入50万元后协议被认定无效，公司需返还50万元本金，但无需支付约定收益。

3. 协议因欺诈、胁迫等可撤销事由被撤销后确认无效

   • 返还与赔偿并行：若一方以欺诈手段使对方签署保底协议（如虚构项目收益），受害方可请求撤销协议并要求返还已付款项，同时可主张赔偿实际损失（如交易手续费、律师费等）。
     
   • 举证责任在受害方：需提供证据证明欺诈行为（如聊天记录、录音、第三方鉴定报告），否则可能承担举证不能的不利后果。
     示例：若机构虚构项目盈利数据诱使投资者签署保底协议，投资者可举证后要求返还本金及赔偿交易费用，但需承担举证责任。

行动建议：

• 收集证据：保留协议文本、付款凭证、沟通记录等，以证明协议内容、付款事实及对方过错；
  
• 协商或诉讼：优先与对方协商返还方案，若协商无果，可向法院起诉主张返还及赔偿；
  
• 注意时效：诉讼时效为3年，自知道或应当知道协议无效之日起计算，逾期可能丧失胜诉权。
  

若涉及具体案件细节（如协议内容、付款方式、对方主体资质等），可进一步向我说明，我会结合证据为您分析返还比例及责任承担。