结论：对于协定适用有争议且扣缴义务人没有扣缴的情况，是否需要处罚需分情况讨论，主要取决于争议的性质、扣缴义务人的主观状态以及相关法律法规的具体规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、协定适用争议的性质与处罚的关联性
协定条款明确无争议：
- 若协定条款明确，双方对适用条款无争议，但扣缴义务人因故意或过失未履行扣缴义务，则根据相关法律法规，扣缴义务人可能面临行政处罚，如罚款、滞纳金等。例如，在税收协定中，若明确规定了扣缴义务，而扣缴义务人未履行，税务机关将依法进行处罚。
协定条款存在争议：
- 若协定条款存在争议，导致扣缴义务人无法确定是否应履行扣缴义务，此时需先通过协商、仲裁或诉讼等方式解决争议。在争议解决前，若扣缴义务人未扣缴，一般不宜直接对其进行处罚，因为其未扣缴的行为可能源于对协定条款的合理误解或不确定性。
二、扣缴义务人的主观状态与处罚
故意未扣缴：
- 若扣缴义务人明知应履行扣缴义务而故意不履行，无论协定适用是否存在争议，均可能构成违法或违约行为，应依法承担相应责任，包括行政处罚和可能的民事赔偿。
过失未扣缴：
- 若扣缴义务人因疏忽或过失未履行扣缴义务，且协定适用存在争议，其责任可能相对较轻。在争议解决后，若确定扣缴义务人应履行扣缴义务而未履行，税务机关或相关机构可能根据具体情况决定是否给予处罚，并可能考虑减轻处罚。
三、相关法律法规的具体规定
税收领域：
- 在税收领域，若扣缴义务人未按照税收协定或相关税法规定履行扣缴义务，税务机关将依据《税收征收管理法》等相关法律法规进行处罚。处罚措施可能包括罚款、滞纳金、加收利息等，具体取决于违法行为的性质和情节。
其他合同领域：
- 在其他合同领域，若协定（合同）中明确规定了扣缴义务，而扣缴义务人未履行，则可能构成违约行为。根据《民法典》等相关法律法规，违约方应承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。若违约行为情节严重，还可能面临行政处罚或刑事责任（如构成犯罪时）。
四、建议与措施
及时沟通协商：
- 在协定适用存在争议时，扣缴义务人应与对方及时沟通协商，寻求共识或解决方案。这有助于避免不必要的法律纠纷和处罚。
寻求专业法律意见：
- 若争议无法通过协商解决，扣缴义务人应寻求专业法律意见，了解自身权利和义务，以及可能面临的法律后果。这有助于其做出明智的决策并采取适当的行动。
遵守法律法规：
- 无论协定适用是否存在争议，扣缴义务人均应遵守相关法律法规的规定，履行扣缴义务（若确定应履行）。这有助于维护其合法权益并避免不必要的法律风险。
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