结论：与甲方的劳动合同是否还有效，不能仅凭由第三方公司发工资这一事实来判断，需要结合具体情况分析。一般来说，如果双方未协商一致变更或解除劳动合同，且劳动合同的履行未受实质影响，则劳动合同仍然有效。
分析说明：
劳动合同的效力基础：
- 劳动合同的效力主要取决于双方是否按照合同约定履行各自的义务，以及是否存在法定或约定的解除或变更情形。
- 工资支付方并非决定劳动合同效力的唯一因素。即使工资由第三方公司支付，也不必然导致劳动合同无效或解除。
第三方支付工资的情况：
- 在实践中，存在由第三方公司代发工资的情况，这可能是由于公司财务安排、税务筹划、集团内部管理等原因。
- 如果这种支付方式并未改变劳动合同中约定的双方权利义务关系，且双方对此均无异议，那么劳动合同仍然有效。
劳动合同变更与解除的法定条件：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更或解除需要双方协商一致，并签订书面协议。
- 如果甲方或第三方公司未经您同意，擅自变更劳动合同内容（如降低工资、改变工作岗位等），则可能构成违约行为，您有权要求继续履行原合同或寻求法律救济。
可能影响劳动合同效力的其他因素：
- 如果甲方与第三方公司之间存在关联关系，且这种支付方式实际上是为了规避法律责任或损害您的合法权益，那么您可能需要进一步了解相关情况，并考虑是否采取法律措施维护自己的权益。
- 另外，如果由于第三方支付工资导致您无法享受应有的社会保险、福利待遇等，这也可能构成对劳动合同的实质性违反，影响劳动合同的效力。
建议与行动：
- 核实情况：首先，建议您核实甲方与第三方公司之间的支付关系，以及这种支付方式是否得到了您的同意或认可。
- 沟通协商：如果对此存在疑问或不满，建议您与甲方进行沟通协商，明确双方的权利义务关系，并尝试达成一致意见。
- 法律救济：如果协商无果，且您认为自己的合法权益受到了侵害，那么您可以考虑寻求法律救济途径，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，需要综合考虑劳动合同的约定、双方的实际履行情况、以及相关法律法规的规定。
- 如果涉及复杂的法律关系或争议点，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
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