关于在大棚内种植矮化树是否合法的问题，这主要取决于土地的使用性质和种植目的，以及是否符合相关法律法规的规定。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，土地的使用受到严格的法律管制，特别是耕地和基本农田。根据《土地管理法实施条例》以及自然资源部、农业农村部、国家林业和草原局发布的相关通知，耕地主要用于粮食和棉、油、糖、蔬菜等农产品及饲草饲料生产，不得擅自转为林地、园地等其他农用地。永久基本农田更是严禁转为林地、草地、园地等其他农用地及农业设施建设用地，严禁占用永久基本农田发展林果业。

对于大棚种植矮化树的情况，如果大棚所占用的土地原本是耕地或基本农田，且种植矮化树并非为了农业生产（如粮食、蔬菜等）而是为了其他非农业目的（如观赏、休闲等），那么这种行为很可能违反了土地用途管制的相关规定。特别是如果大棚内还涉及改建住宅、私家庄园、别墅，或用于餐饮、娱乐等经营性用途，那么更是明确被禁止的，必须依法办理建设用地审批手续。

然而，如果大棚所占用的土地并非耕地或基本农田，或者种植矮化树是为了农业生产目的（如种植矮化果树以生产水果），且符合当地农业发展规划和土地利用规划，那么这种行为可能是合法的。但即便如此，也需要确保种植活动不违反其他相关法律法规，如环保、林业等方面的规定。

因此，我建议您在决定在大棚内种植矮化树之前，先了解清楚大棚所占用的土地性质和使用目的，以及当地的相关法律法规和政策要求。如果可能的话，最好咨询当地农业部门或土地管理部门的意见，以确保您的种植活动合法合规。

总的来说，大棚种植矮化树是否合法取决于多种因素，包括土地性质、种植目的以及是否符合相关法律法规等。在做出决定之前，请务必进行充分的了解和咨询。