在刑事案件的处理过程中，若法院以当事人（通常指被告人）不在案为由将案件退回检察院，这一做法是严格依据法律规定和案件实际情况来决定的，旨在确保刑事诉讼的合法性、公正性和准确性。以下是对此情况的具体处理方式和相关法律依据的详细解释：
一、庭前审查阶段退回
在庭前审查阶段，如果法院发现案件存在以下情形之一，且被告人不在案，那么法院应当将案件退回检察院：
不属于本院管辖：
- 依据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》第二百一十九条第一项，若案件不属于本院管辖范围，法院无权审理，因此应当退回检察院，由检察院重新确定管辖法院或采取其他适当措施。
其他法定不追究刑事责任的情形：
- 根据同一解释第二百一十九条第二项，若案件属于刑事诉讼法第十六条第二项至第六项规定的情形（如犯罪已过追诉时效期限且不是必须追诉、经特赦令免除刑罚、被告人死亡等），法院应当退回检察院，因为这些情形下不再追究刑事责任。
案件被告人不在案：
- 这是直接针对您问题的情况。若被告人不在案，法院无法进行正常的审判活动，因此根据上述解释第二百一十九条第三项，法院应当退回检察院。但需注意，如果检察院是按照缺席审判程序提起公诉的，那么法院应当依照相关解释的规定作出处理，而不是直接退回。
二、审判过程中的处理
在审判过程中，如果法院发现被告人不在案，且这一情况影响了审判的正常进行，法院可能会采取以下措施：
要求检察院补充侦查或提供被告人下落：
- 法院可以宣布休庭，并要求检察院在规定期限内补充侦查或提供被告人的下落信息。如果检察院无法提供，且案件无法继续审理，法院可能会考虑将案件退回检察院。
依据证据情况作出处理：
- 如果法院认为现有证据不足以支持起诉，且被告人不在案导致无法进一步收集证据，法院可能会参考相关规定，如要求检察院撤回起诉或作出其他适当处理。在极端情况下，如果案件无法继续审理且符合退回条件，法院可能会将案件退回检察院。
三、后续处理建议
对于被法院退回检察院的案件，检察院通常会进行以下处理：
重新审查案件：
- 检察院会重新审查案件材料，确认被告人不在案的原因，并评估是否有可能通过补充侦查或采取其他措施使案件符合起诉条件。
采取适当措施：
- 如果检察院认为案件仍然符合起诉条件，且有可能找到被告人或采取其他措施确保审判的顺利进行，那么检察院可能会重新提起公诉或采取其他法律手段。
作出不起诉决定：
- 如果检察院认为案件不符合起诉条件或无法找到被告人，且没有其他适当的法律手段可用，那么检察院可能会作出不起诉决定，并终止案件的进一步处理。
四、法律依据与程序保障
整个过程中，法院和检察院的操作都严格依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及其相关解释进行。这些法律规定确保了刑事诉讼的合法性和正当性，保障了每一个案件都能得到依法、准确、公正的处理。同时，也体现了法院与检察院之间在刑事诉讼中的相互制约和监督关系，共同维护司法公正和权威。
综上所述，当法院以当事人不在案为由将刑事案件退回检察院时，检察院会重新审查案件并采取适当措施。这一程序旨在保障刑事诉讼的顺利进行和司法公正的实现。