违法发放贷款后又办理借新还旧，追溯时效的认定需分情况讨论，核心结论如下：

1. 违法发放贷款行为的追诉时效
   根据《刑法》第87条，违法发放贷款罪的追诉时效根据法定最高刑确定：

   • 若违法发放贷款数额巨大（100万元以上）或造成重大损失（20万元以上），法定最高刑为5年有期徒刑，追诉时效为10年；
     
   • 若数额特别巨大（500万元以上）或造成特别重大损失（100万元以上），法定最高刑为15年有期徒刑，追诉时效为15年。
     关键点：追诉时效从犯罪行为终了之日起计算。若违法发放贷款后持续存在违规操作（如未采取补救措施），时效可能从最后一次违规行为结束时起算。

2. 借新还旧对追诉时效的影响

   • 若借新还旧未掩盖原违法事实：仅作为贷款展期或债务重组，原违法发放贷款行为的追诉时效不受影响，仍按上述规则计算。
     
   • 若借新还旧被用于掩盖违法事实（如虚构用途、伪造材料）：可能构成对原犯罪行为的延续或新的犯罪（如骗取贷款罪）。此时需区分：
     
     • 若原违法发放贷款行为仍在追诉期内，可合并追诉；
       
     • 若原行为已过追诉期，但借新还旧行为构成新罪，则对新罪单独计算追诉时效（如骗取贷款罪追诉时效为5年）。

3. 实务中的认定要点

   • 证据链完整性：需证明违法发放贷款与借新还旧之间的关联性（如资金流向、内部审批记录等）；
     
   • 主观故意认定：若借新还旧是银行为掩盖违规操作主动为之，可能加重责任；若借款人主动提议且银行未尽审查义务，需区分双方责任；
     
   • 损失计算：借新还旧后若损失扩大，可能影响“重大损失”或“特别重大损失”的认定标准，进而影响量刑幅度及追诉时效。

建议：若涉及具体案件，需结合贷款合同、审批文件、资金流水等证据，综合分析违法行为的持续状态及借新还旧的真实目的。如有进一步疑问，可直接向我咨询细节。