职工办理完企业土地证后私自扣留的行为属于违法行为，企业有权要求其返还，并可根据情况追究其法律责任。以下从不同角度进行分析：

1. 从物权法角度
   企业土地证作为企业名下的不动产权属证明，其所有权归企业所有。职工无权占有或扣留该证件，否则构成对物权的侵害。企业可依据《民法典》第二百三十五条，要求职工返还土地证；若造成损失，还可主张赔偿。

2. 从劳动法角度
   若职工扣留土地证的行为与企业劳动管理相关（如因纠纷产生报复行为），企业可依据《劳动合同法》第三十九条，以“严重违反用人单位规章制度”为由解除劳动合同，并要求职工承担因扣留证件导致的直接经济损失。但需注意：企业需证明扣留行为与劳动管理直接相关，且规章制度中明确禁止此类行为。

3. 从刑法角度（若情节严重）
   若职工扣留土地证的目的系非法占有企业财物，或通过扣留证件胁迫企业支付额外利益，可能涉嫌《刑法》第二百七十条规定的侵占罪或第二百七十四条规定的敲诈勒索罪。企业可向公安机关报案，追究其刑事责任。

建议处理步骤：

1. 书面催告：企业应首先向职工发出书面通知，要求其限期返还土地证，并明确告知拒不返还的法律后果；
   
2. 内部处理：若职工系企业员工，可依据规章制度给予纪律处分（如警告、解除合同）；
   
3. 法律途径：若催告无果，企业可向法院提起“返还原物纠纷”诉讼，或向公安机关报案（若涉嫌犯罪）；
   
4. 证据固定：处理过程中需保留催告记录、土地证权属证明、职工扣留行为的证据（如监控、证人证言）等。

风险提示：若企业未及时处理，可能导致土地证被滥用（如抵押、转让），进而引发第三方权利纠纷，企业需承担相应法律责任。因此，建议企业尽快采取行动。如有进一步疑问，可直接向我咨询。