医疗机构若不配合卫生健康调查，将可能面临多种处罚措施，具体取决于其不配合的程度和造成的后果。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
行政处罚：
- 根据《医疗纠纷预防和处理条例》第四十七条，医疗机构若存在未按规定制定和实施医疗质量安全管理制度、未按规定告知患者病情、医疗措施、医疗风险、替代医疗方案等情形，且拒不改正或导致严重后果的，由县级以上人民政府卫生主管部门责令改正，给予警告，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予处分。虽然该条款未直接提及不配合调查的情况，但医疗机构不配合调查往往与上述违规行为相关联，且可能因拒不改正而面临更严厉的处罚。
- 在实际操作中，若医疗机构不配合卫生健康调查，卫生主管部门可能依据其职权，对医疗机构进行警告、罚款等行政处罚。罚款的数额将根据不配合行为的严重程度和造成的后果来确定。
法律责任加重：
- 如果医疗机构的不配合行为导致调查无法顺利进行，进而影响了医疗事故或纠纷的公正处理，医疗机构可能因此承担更重的法律责任。例如，在医疗事故鉴定过程中，若医疗机构拒不提供相关病历资料或拒绝配合鉴定工作，可能导致鉴定结论无法作出或鉴定结论对医疗机构不利。
- 在某些情况下，医疗机构的不配合行为甚至可能构成妨碍公务等违法行为，从而面临刑事责任的追究。虽然这种情况较为罕见，但一旦发生，将对医疗机构的声誉和运营造成严重影响。
具体处罚措施示例：
- 警告与罚款：卫生主管部门可以对不配合调查的医疗机构发出警告，并处以一定数额的罚款。罚款的数额可能根据医疗机构的规模、不配合行为的严重程度以及造成的后果等因素来确定。
- 责令整改：卫生主管部门可以责令医疗机构限期整改其不配合调查的行为，并要求其提交整改报告。若医疗机构未能在规定期限内完成整改或整改不到位，可能面临更严厉的处罚。
- 吊销执业许可证：在极端情况下，若医疗机构的不配合行为严重违反了相关法律法规或造成了严重后果，卫生主管部门可能吊销其执业许可证，从而剥夺其从事医疗活动的资格。
建议：
- 医疗机构应积极配合卫生健康调查工作，如实提供相关病历资料、接受询问等，以确保调查的顺利进行和公正处理。
- 若医疗机构对调查工作有异议或认为调查程序存在不当之处，应通过合法途径提出申诉或异议，而不是采取不配合或抗拒的态度。
- 医疗机构应加强内部管理，建立健全的医疗质量安全管理制度和投诉处理机制，以预防和减少医疗纠纷的发生。
总结：医疗机构不配合卫生健康调查将可能面临行政处罚、法律责任加重以及具体处罚措施如警告、罚款、责令整改甚至吊销执业许可证等后果。因此，医疗机构应积极配合调查工作，确保医疗纠纷的公正处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。