年假第二年过期清零是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法清零的情况
职工个人原因未休或主动放弃年假
- 根据《职工带薪年休假条例》，单位有权根据生产、工作具体情况及职工意愿统筹安排年休假。若职工因个人原因（如未提出休假申请、自行放弃等）未休年假，且单位已尽到安排责任，那么单位在年底将未休年假清零，是合法的，且无需支付额外报酬。
- 举例来说，如果职工因工作繁忙或个人计划等原因，主动向单位表示不休年假，并与单位达成一致，那么该年假在第二年清零就是合法的。
跨年度安排后仍未休
- 虽然年休假一般不跨年度安排，但单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排时，可以跨1个年度安排。在此情况下，若职工在第二年度仍未休完剩余年假，且单位已履行了相应的协商和安排义务，那么清零处理可能被视为合法。
- 例如，单位因项目周期较长，需要职工在第二年继续工作，因此将年假安排在第二年，但职工因个人原因仍未休完，此时单位清零年假可能是合法的。
二、不合法清零的情况
单位未安排或未征得职工同意清零年假
- 若单位因自身原因（如工作任务繁忙、未合理安排休假计划等）导致职工未能在当年休年假，且未经职工同意就擅自清零年假，这是不合法的。
- 在这种情况下，单位应依法按照职工日工资收入的300%支付未休年假的工资报酬（包含正常工作期间的工资收入）。
违反法律规定或合同约定
- 任何违反《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规或劳动合同约定的清零行为，均属不合法。
- 例如，如果劳动合同中明确规定了年假的安排和清零方式，但单位未按照合同执行，那么单位的清零行为就是不合法的。
三、法律依据与实践建议
法律依据：
- 《劳动法》第四十五条明确规定了国家实行带薪年休假制度，并授权国务院制定具体办法。
- 《职工带薪年休假条例》详细规定了年休假的享受条件、安排方式、补偿标准等，但未明确规定年假必须跨年清零。
实践建议：
- 单位应严格遵守相关法律法规，确保职工的年休假权益得到保障。在安排年假时，应充分考虑职工的意愿和生产、工作的实际情况，做出合理的安排。
- 职工也应积极了解自己的年休假权益，遇到不合法清零情况时，有权要求单位进行纠正或支付相应的补偿。
- 建议单位和职工在年休假问题上加强沟通，共同维护和谐的劳动关系。
综上所述，年假第二年过期清零是否合法，关键在于单位是否依法履行了安排年休假的义务，以及是否征得了职工的同意。如果你在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。