结论：合作合同方未足额出资，过了三年起诉是否有效，这主要取决于诉讼时效是否已经届满以及合同中是否有特别约定。以下从不同角度进行分析：
一、诉讼时效角度
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果合作合同方未足额出资，且从出资期限届满之日起已经超过三年，同时在这三年内没有发生诉讼时效中断、中止等法定事由，那么从法律上讲，起诉可能面临诉讼时效届满的风险。
诉讼时效中断与中止：
- 如果在这三年内，存在诉讼时效中断（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等）或中止（如不可抗力、权利人丧失民事行为能力等）的法定事由，那么诉讼时效会重新计算或暂停计算，此时起诉仍然有效。
二、合同约定角度
合同中的特别约定：
- 如果合作合同中明确约定了出资期限、违约责任以及争议解决方式等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么即使过了三年，只要合同中的约定仍然有效，且未违反诉讼时效的相关规定，起诉仍然是有效的。
合同无效或可撤销的情形：
- 如果合作合同存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），那么合同自始无效或可被撤销，此时出资方未足额出资的行为可能构成违约或侵权，起诉的效力不受诉讼时效的限制（但需注意，对于侵权行为，仍需考虑诉讼时效的问题，不过在某些特殊情况下，如权利人不知道或不应知道权利受到损害的，诉讼时效可能从知道或应当知道之日起计算）。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在决定起诉前，应充分收集合作合同、出资记录、沟通记录等相关证据，以证明合作合同方的未足额出资行为以及自己的损失情况。
咨询专业律师：
- 由于法律问题具有复杂性和专业性，建议在起诉前咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析，以确定起诉的可行性和策略。不过，在这里你已经直接向我咨询了，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。
考虑和解或调解：
- 在起诉前或诉讼过程中，也可以考虑与合作合同方进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案，避免长时间的诉讼纠纷。
总结：合作合同方未足额出资，过了三年起诉是否有效，需根据诉讼时效是否已经届满以及合同中是否有特别约定来判断。如果诉讼时效未届满或合同中有特别约定且合法有效，那么起诉是有效的。在实际操作中，建议收集证据、咨询专业律师，并考虑和解或调解等解决方案。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。