结论：公司用员工多发工资这一行为本身并不直接构成违法，但后续处理不当可能引发一系列法律问题。具体来说，这主要取决于多发工资的原因以及员工和公司的后续处理方式。
一、多发工资的原因及法律性质
单位管理失误导致的多发：
- 如果公司因财务人员疏忽、计算错误等原因多发工资，这属于公司自身的管理失误。
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百八十五条，员工多领取的部分属于不当得利，公司有权要求员工返还。
公司故意多发工资：
- 如果公司故意多发工资，再通过不当手段扣回，这种行为可能涉及劳动争议和违反劳动法的相关规定，损害员工权益，并可能引发法律纠纷。
二、员工的责任与义务
不当得利的返还：
- 员工在明知工资多发的情况下，应主动告知公司并退还多发部分。这是基于诚实信用原则和法律规定的要求。
- 如员工拒不归还，公司可通过协商、劳动仲裁或民事诉讼等方式追回应得款项。
欺诈行为的法律责任：
- 如果员工以非法占有为目的，采用欺诈等手段（如伪造加班记录）骗取公司多发工资，且数额较大时，可能涉嫌诈骗罪，需承担刑事责任。
三、公司的后续处理建议
及时沟通与处理：
- 公司发现多发工资后，应及时与员工沟通，说明情况并要求退还。这有助于维护公司的合法权益，并避免不必要的法律纠纷。
- 员工也应积极配合，主动与公司联系并退还多发的部分。
法律途径追讨：
- 如员工拒绝退还，公司可首先尝试通过协商或调解解决。这有助于降低解决纠纷的成本和时间。
- 协商不成时，公司可向人民法院提起诉讼，依法追回多发的工资。法院在查明事实后，一般会判决员工返还多发的工资。
内部管理加强：
- 公司应加强财务管理和内部控制，防止类似情况再次发生。这有助于提升公司的管理水平和风险防范能力。
- 同时，公司应关注员工反应，确保公司内部的公平与和谐。
四、特殊情况下的法律后果
- 如果员工明知工资多发却恶意占有，数额较大（通常在1000元以上）且情节严重，可能涉嫌侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。
总结与建议：公司多发工资本身不违法，但后续处理需谨慎。公司应加强内部管理，避免管理失误；员工在收到多发工资后，也应主动退还，以避免可能的法律纠纷。如双方无法协商解决，可通过法律途径维护各自权益。如果你或公司在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。