结论概述：三方协议与子公司签订，而正式合同与总公司签订，这种安排在法律上并非绝对禁止，但需根据具体情况和合同条款来判断其合法性和有效性。以下从多个角度进行详细分析：

1. 合同主体与法律效力：

   • 合同主体：合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。因此，无论是子公司还是总公司，只要它们是独立的法人实体，都有资格作为合同的一方。
   • 法律效力：合同一旦成立并生效，即对合同双方具有法律约束力。如果三方协议是与子公司签订的，那么该协议主要约束的是签订协议的各方，包括子公司；而正式合同与总公司签订，则主要约束的是总公司与合同另一方。

2. 合同内容与目的：

   • 内容一致性：需要确保三方协议与正式合同在内容上保持一致，特别是关于权利义务、违约责任等关键条款。如果两者内容存在冲突或不一致，可能会引发法律纠纷。
   • 目的实现：签订合同的目的通常是为了实现特定的商业目标或法律义务。因此，在安排签订合同的主体时，应确保这种安排不会妨碍合同目的的实现。

3. 公司法与关联交易：

   • 公司法规定：根据《公司法》的相关规定，公司之间（包括母公司与子公司之间）的交易应遵循公平、公正的原则，不得损害公司及其股东的利益。如果三方协议和正式合同的签订涉及关联交易，应确保交易条件符合市场公允价值，并履行必要的审批程序。
   • 关联交易风险：如果子公司与总公司之间的交易被认定为不公平的关联交易，可能会面临法律风险和监管处罚。因此，在签订合同时，应谨慎处理涉及关联交易的情况。

4. 实际操作建议：

   • 明确合同主体：在签订合同时，应明确合同主体是子公司还是总公司，并确保合同条款与合同主体相匹配。
   • 审查合同条款：在签订合同前，应仔细审查合同条款，确保内容合法、合规，并符合商业逻辑和合同目的。
   • 咨询专业律师：由于合同签订涉及复杂的法律问题和商业风险，建议在签订前咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。

特殊情况说明：如果三方协议和正式合同在内容上存在紧密关联，且涉及同一商业交易或项目，那么这种分开签订的方式可能会引发一些法律上的疑问和风险。例如，如果三方协议中的某些条款与正式合同中的条款相互依赖或相互影响，那么分开签订可能会导致合同解释上的困难和法律纠纷的风险增加。因此，在这种情况下，建议考虑将三方协议和正式合同合并为一个综合性的合同文件，以明确各方的权利和义务。

后续行动建议：如果您正在考虑与子公司签订三方协议，并与总公司签订正式合同，建议您在签订前详细审查合同条款，并咨询专业律师的意见。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。