核心结论：针对您不动产确权后原地翻建，邻居以不合法协议为由侵占1米的情况，您可以通过协商、行政途径、诉讼途径等多种方式来解决，以下为您详细分析。

核心前提

您的不动产已经确权，在原地进行翻建，邻居以一份不合法协议为依据，侵占了您1米的土地。这里涉及的关键因素有不动产确权情况、翻建行为合法性、邻居所持协议的合法性以及土地被侵占的事实。

具体分析

1. 协商解决
   • 依据与理由：从和谐邻里关系以及高效解决问题的角度出发，协商是一种较为温和且成本较低的方式。您可以主动与邻居沟通，向其说明不动产确权的情况，表明您对该土地拥有合法的使用权，同时指出其依据的协议是不合法的，不具有法律效力，要求邻居停止侵占行为，归还被侵占的1米土地。
   • 操作方式：您可以选择面对面交流，在交流过程中保持冷静和理性，避免情绪化的争吵。也可以邀请双方都信任的第三方，如社区工作人员、居委会成员等作为见证人，共同参与协商，以增加协商的成功率。
2. 行政途径
   • 向相关部门反映
     • 依据与理由：土地管理部门和城乡规划部门对于土地的使用和规划有监管职责。邻居侵占您的土地，可能涉及到违反土地管理法规和城乡规划规定。您可以向当地的土地管理部门（如国土资源局）反映情况，要求其对邻居的侵占行为进行调查和处理。同时，如果您的翻建行为是经过合法审批的，也可以向城乡规划部门说明情况，寻求他们的支持和帮助。
     • 操作方式：您可以准备好相关的证明材料，如不动产确权证书、翻建审批文件等，以书面形式向相关部门提交投诉或举报信，详细说明邻居侵占土地的情况，包括侵占的时间、范围、依据的不合法协议等内容。也可以亲自前往相关部门，向工作人员当面陈述情况。
   • 申请调解
     • 依据与理由：许多地方的政府或社区都设有调解机构，如人民调解委员会等。这些机构可以组织双方进行调解，在调解过程中，调解员会依据法律法规和公平公正的原则，对双方的争议进行调解，促使双方达成和解协议。
     • 操作方式：您可以向当地的人民调解委员会提出调解申请，填写相关的申请表格，提交相关的证明材料。调解委员会在受理申请后，会安排调解员与您和邻居进行沟通，了解双方的诉求和争议焦点，然后组织调解会议，在会议上引导双方进行协商和沟通，寻求解决问题的方案。
3. 诉讼途径
   • 提起民事诉讼
     • 依据与理由：如果邻居的侵占行为给您造成了经济损失或影响了您的正常使用，您可以依据《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的相关规定，向法院提起民事诉讼，要求邻居停止侵害、排除妨碍、返还财产，并赔偿您的损失。在诉讼过程中，您需要证明您对被侵占的土地拥有合法的使用权，邻居的侵占行为是违法的，以及您因此遭受的损失情况。
     • 操作方式：您可以委托律师起草民事起诉状，明确诉讼请求和事实理由，并收集相关的证据材料，如不动产确权证书、现场照片、证人证言等。然后向有管辖权的法院提交起诉状和证据材料，缴纳诉讼费用，等待法院的受理和开庭审理。在庭审过程中，您需要按照法官的要求进行陈述、举证和质证，配合法院的审理工作。
   • 确认协议无效之诉
     • 依据与理由：如果邻居所依据的协议确实存在不合法的情况，如协议内容违反法律法规的强制性规定、签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，您可以向法院提起确认协议无效之诉，要求法院宣告该协议无效。一旦协议被确认无效，邻居就失去了侵占您土地的所谓依据。
     • 操作方式：同样需要委托律师起草起诉状，收集能够证明协议不合法或无效的证据材料，如协议文本、签订协议时的相关情况说明等。向法院提交起诉材料后，等待法院的审理和判决。在诉讼过程中，您需要向法院充分说明协议不合法或无效的理由和依据，以支持您的诉讼请求。

在处理这个问题的过程中，您要注意保留好相关的证据材料，如不动产确权证书、翻建审批文件、与邻居沟通的记录、现场照片等，这些证据将对您维护自己的合法权益起到重要的作用。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。