针对您目前需要办理确权证，但与邻居有协议且邻居目前占着相关土地或房屋的情况，以下是一些详细的建议来帮助您维护自身权益：
一、明确纠纷性质与法律依据
首先，您需要明确的是，土地或房屋的确权纠纷通常不属于法院直接受理的民事案件范围，而是由人民政府处理。这是根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议，应先由当事人协商解决，协商不成的，再由人民政府处理。
二、尝试协商与调解
再次协商：
- 您可以尝试与邻居进行再次协商，明确表达您的确权需求和依据，以及邻居目前的行为对您造成的影响。
- 协商时，可以邀请村委、居委会或相关调解组织参与，以增加协商的正式性和有效性。
申请调解：
- 如果协商无果，您可以向当地的镇政府、司法所或人民调解委员会申请调解。
- 调解组织会组织双方进行面对面沟通，帮助双方达成和解协议。
三、申请异议登记（如涉及产权证书记载错误）
如果您认为邻居的产权证书记载有误，且该错误侵占了您的房屋面积或土地权益，您可以根据《不动产登记暂行条例实施细则》的相关规定，申请异议登记：
准备材料：
- 证实您对登记的不动产权利有利害关系的材料（如协议、土地证、房产证等）。
- 证实不动产登记簿记载的事项错误的材料（如测量报告、历史档案等）。
提交申请：
- 向当地的不动产登记机构提交异议登记申请，并附上相关材料。
- 登记机构经审查后，会将异议事项记载于不动产登记簿，并向您出具不动产登记证明。
提起诉讼或仲裁：
- 完成异议登记后，您应在15日内提交人民法院受理通知书或仲裁委员会受理通知书等材料，以提起诉讼或申请仲裁。
- 逾期不提交的，异议登记将失效。
四、寻求政府处理与法律途径
政府处理：
- 如果协商和调解均无果，您可以向当地的人民政府（如镇政府）提出处理申请。
- 政府会组织相关部门进行调查、核实，并作出处理决定。
法律途径：
- 在政府处理过程中或处理后，如果您对处理结果不满意，仍然可以通过法律途径来维护自己的权益。
- 您可以咨询专业律师，了解具体的诉讼策略和程序，并准备相关证据材料提起诉讼。
五、注意事项与建议
保持冷静与理性：
- 在处理纠纷过程中，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免加剧矛盾。
收集并保存证据：
- 收集并保存所有与纠纷相关的证据材料，如协议、土地证、房产证、测量报告、照片、视频等。
- 这些证据将在协商、调解、政府处理或法律诉讼中发挥重要作用。
咨询专业律师：
- 如果您对法律程序或权益维护感到困惑或不确定，建议咨询专业律师。
- 律师可以为您提供专业的法律意见和帮助，确保您的权益得到充分维护。
希望以上建议能对您有所帮助。在处理这类纠纷时，请务必保持耐心和理性，通过合法途径来维护自己的权益。