行政补偿案件因被告不适格败诉后，可采取以下措施：

1. 分析败诉原因，明确被告主体资格问题
   首先需明确法院认定“被告不适格”的具体依据。根据《行政诉讼法》第26条，行政补偿案件的被告应为作出具体行政行为的行政机关或法律、法规、规章授权的组织。若败诉因被告主体错误（如错列行政机关、遗漏必要被告、将内部机构列为被告等），需重新梳理案件事实，确认实际作出补偿决定的主体。例如：

   • 若补偿决定由某行政机关下属部门作出，但该部门无独立法律人格，应以该行政机关为被告；
     
   • 若涉及多个行政机关联合行为，需以共同作出行为的机关为共同被告；
     
   • 若被告被撤销或职权变更，应以继续行使其职权的机关为被告（《行政诉讼法》第26条第6款）。
     

2. 选择救济路径：上诉或重新起诉

   • 上诉：若败诉判决为一审判决，可在收到判决书之日起15日内向上一级法院提起上诉，主张一审法院对被告主体资格认定错误，并提交证据证明实际被告应为其他主体。
     
   • 重新起诉：若已过上诉期或二审维持原判，可针对正确的被告重新提起行政诉讼。需注意诉讼时效问题（《行政诉讼法》第46条），一般自知道或应当知道行政行为之日起6个月内起诉，重新起诉时需确保未超时效。
     

3. 补充证据，完善诉讼策略
   在重新起诉或上诉前，需补充证明被告主体资格的证据，例如：

   • 行政机关的职权依据（如“三定方案”、法律法规授权文件）；
     
   • 补偿决定的作出主体（如文件盖章、签字主体、会议纪要等）；
     
   • 行政机关之间的职权划分文件（如联合执法协议、委托书等）。
     

4. 考虑行政复议作为前置程序（如适用）
   若补偿决定涉及特定领域（如土地征收、房屋拆迁），部分地方性法规可能要求先申请行政复议，对复议结果不服再起诉。此时需先通过复议程序纠正被告主体问题，再进入诉讼阶段。

5. 关注程序合法性，避免再次因主体问题败诉
   在重新起诉时，需严格审查起诉状中的被告信息，确保名称、地址、法定代表人等信息准确无误。若被告为行政机关下属机构，需明确其是否具有独立承担法律责任的能力，避免因主体瑕疵导致程序空转。

总结：行政补偿案件因被告不适格败诉后，核心是纠正被告主体错误，可通过上诉或重新起诉解决，同时需补充证据、完善程序，确保后续诉讼的被告主体适格。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。