对于同一主体的不同违法行为，是否可以分别立案，这确实是一个涉及法律程序和实际操作的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、基本原则

在大多数情况下，对于同一当事人的两种违法行为，是可以分别立案的。这是因为每种违法行为都可能涉及不同的法律规定、违法情节及社会危害，需要独立进行评价和处理。分别立案有助于司法机关更清晰地审理案件，确保每种违法行为都能得到适当的法律评价和处理，同时也更准确地界定当事人的责任，保护其合法权益。

二、法律依据及考量因素

1. 违法行为的独立性：

   • 每种违法行为都有其独特的法律构成要件和违法情节，需要独立进行法律评价。
   • 分别立案可以确保每种行为都得到充分的审查和认定，避免遗漏或混淆。

2. 法律关系与事实判断：

   • 需要判断两种违法行为是否属于同一法律关系或同一法律事实。
   • 如果它们相互独立，互不包容，则更倾向于分别立案。

3. 牵连关系分析：

   • 两种违法行为之间是否存在牵连关系，即一种行为是否是另一种行为的必然结果或手段。
   • 若存在紧密的牵连关系，可能会考虑合并处理以提高司法效率，但这并非绝对，仍需根据具体情况判断。

4. 案件查清与维护权益：

   • 分别立案是否更有利于查清案件事实，保护当事人合法权益，以及维护社会秩序和公共利益。
   • 这是决定是否分别立案的重要考量因素。

三、实践操作中的具体应用

以当事人甲为例，如果甲既实施了盗窃行为，又实施了殴打他人的行为，这两种行为分别侵犯了公私财物所有权和他人的人身健康权利，违反了不同的法律规定，且没有直接的牵连关系。因此，应当分别立案侦查或查处，以准确认定其行为性质和责任。

然而，在某些特殊情况下，如为实施某一犯罪而进行的预备行为与后续的实行行为，可能因行为之间的紧密牵连关系而选择合并处理。这需要根据具体的法律规定和案件情况来判断，以确保司法处理的公正性和效率性。

四、建议

如果您面临这样的情况，即同一主体存在多种违法行为，建议您咨询专业的法律顾问或律师。他们可以根据您的具体情况，提供更准确的法律意见和帮助，确保您的权益得到充分保障。同时，您也可以积极配合司法机关的调查和处理工作，提供必要的证据和信息，以促进案件的顺利解决。