结论：第一起作为违法事实，后又作为犯罪事实起诉，法院是可以判决的，但具体判决结果需依据案件事实、证据及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、违法事实与犯罪事实的区分与联系
- 违法事实：通常指的是违反法律法规，但尚未达到犯罪程度的行为。这类行为可能受到行政处罚，如罚款、拘留等。
- 犯罪事实：则是指违反刑法规定，构成犯罪的行为。犯罪行为需要承担刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
联系：违法事实与犯罪事实并非完全割裂。在某些情况下，一个行为可能先被认定为违法，随着调查的深入，发现其情节严重，构成犯罪，进而被作为犯罪事实起诉。
二、法院判决的依据
- 事实认定：法院在判决时，会首先审查案件事实是否清楚，证据是否确凿。如果第一起行为在后续调查中被证实构成犯罪，且证据充分，法院可以将其作为犯罪事实进行判决。
- 法律规定：法院判决还需依据相关法律规定。如果第一起行为确实违反了刑法规定，且符合犯罪构成要件，法院有权依法作出判决。
三、可能的情况分析
- 行为性质变化：如果第一起行为在初次调查时被认定为违法，但后续调查发现其情节严重，构成犯罪，那么该行为可以作为犯罪事实被起诉并判决。例如，某人初次因盗窃少量财物被行政处罚，但后续又多次盗窃，且数额较大，那么其后续行为及可能包括初次行为中达到犯罪标准的部分，均可被作为犯罪事实起诉。但需注意，对于初次行为若已受行政处罚，且该处罚与后续刑事处罚不冲突（如不涉及“一事不再罚”原则），则不影响对其犯罪事实的认定和判决。不过，在大多数情况下，不会将已受行政处罚的违法行为再次纳入刑事犯罪事实中一并处罚，除非该违法行为与后续犯罪行为存在紧密的关联性，且共同构成了犯罪的完整链条。
- 证据补充与完善：在初次调查时，可能由于证据不足或调查不深入，仅将行为认定为违法。但随着调查的深入和证据的补充，如果发现该行为实际上构成犯罪，那么法院可以依据新的证据和事实进行判决。
四、法律建议
- 积极配合调查：如果面临此类情况，应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
- 寻求专业法律帮助：由于法律问题的复杂性，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，第一起作为违法事实，后又作为犯罪事实起诉，法院是可以判决的。但具体判决结果需依据案件事实、证据及法律规定综合判断。如果您面临此类法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。