店铺转让合同丢失后，首先不必过于惊慌，合同丢失并不直接导致合同无效或权利义务的丧失，但需及时采取措施以保障自身权益，具体应对措施如下：

1. 尝试找回原件或复制件：

   • 仔细搜寻：全面检查存放合同的地方，包括办公室、仓库、电子设备等，看是否能找到原件或备份。
   • 联系对方：若自己无法找到，可尝试联系合同另一方（即转让方或受让方），询问其是否保留有合同原件或复制件，并请求提供一份。

2. 收集其他证据证明合同关系：

   • 交易记录：如银行转账记录、收据等，这些可以证明双方之间存在资金往来，从而间接证明合同关系的存在。
   • 沟通记录：包括邮件、短信、微信等聊天记录，这些记录中可能包含合同的主要条款或双方对合同的确认。
   • 证人证言：如有第三方见证了合同的签订或履行过程，其证言也可以作为证明合同关系的证据。

3. 重新签订或补签合同：

   • 与对方协商：在无法找到原合同且其他证据不足以充分证明合同关系的情况下，可与对方协商重新签订一份内容相同的合同，或补签一份确认原合同效力的协议。
   • 明确条款：在重新签订或补签合同时，应确保所有条款清晰明确，避免未来产生纠纷。

4. 法律途径：

   • 起诉或仲裁：若因合同丢失导致权益受损，且无法通过上述方式解决，可考虑通过法律途径维护自身权益。在此过程中，需充分准备其他证据以支持自己的主张。
   • 申请公证或认证：在某些情况下，可向公证机构申请对现有证据进行公证或认证，以增强其证明力。

5. 预防措施：

   • 建立备份制度：未来在签订类似合同时，应建立备份制度，确保合同原件及复制件的安全存放。
   • 电子化存储：考虑将合同扫描或拍照后存储在电子设备或云端，以便随时查阅和备份。