建筑工程有限公司和个人签订的合作协议是否具有法律效力，需根据具体情况来判断，关键在于个人是否具备承接工程的法定资质以及工程是否属于必须招投标的范围。以下是对此问题的详细分析：
具有法律效力的情况
个人具备相应资质且工程不适用建筑法严格规定：
- 在某些小型建筑工程或特定领域（如抢险救灾及其他临时性房屋建筑和农民自建低层住宅）中，这些活动不适用《中华人民共和国建筑法》的严格规定。若个人具备当地建设主管部门要求的相关资质证书（如村镇建筑工匠资格证书），且双方意思表示真实，内容合法，则签订的合作协议有效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国建筑法》第八十三条第三款，抢险救灾及其他临时性房屋建筑和农民自建低层住宅的建筑活动，不适用本法。同时，省、自治区、直辖市人民政府确定的小型房屋建筑工程的建筑活动，参照本法执行，这意味着在这些特定情况下，个人可参与承包活动。
工程不属于必须招投标范围：
- 对于规模较小、投资金额较低或具有特定性质的工程，若未纳入《招标投标法》规定的必须进行招标的范围，且双方自愿签订，内容不违反法律法规，则协议有效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第三条，必须进行招标的工程建设项目范围包括大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目。对于不在此范围内的工程，个人签订的承包协议可能具有法律效力。
不具有法律效力的情况
个人不具备相应资质：
- 在大多数建筑工程领域，施工企业需具备相应的资质等级。若个人无资质或以超越资质等级的方式签订工程承包协议，该协议将被认定为无效。
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条，承包人未取得建筑业企业资质或超越资质等级导致合同无效的情形。
工程属于必须招投标而未招投标：
- 对于依法必须进行招标的工程项目，若未经招投标程序而直接由个人签订承包协议，该协议同样无效。招投标程序旨在保证工程承包的公平、公正、公开。
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第四十九条，违反本法规定，必须进行招标的项目而不招标的，将必须进行招标的项目化整为零或者以其他任何方式规避招标的，责令限期改正，可以处项目合同金额千分之五以上千分之十以下的罚款；对全部或者部分使用国有资金的项目，可以暂停项目执行或者暂停资金拨付；对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
合同无效的后果与建议
- 后果：若合作协议因个人签订而无效，双方应返还因该合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错方需赔偿对方损失；双方均有过错的，各自承担责任。
- 建议：在签订合作协议前，务必核实承包方的资质条件，确保符合法律法规要求。如遇纠纷，建议直接向我咨询，通过协商、调解或诉讼等途径解决。
综上所述，建筑工程有限公司和个人签订的合作协议的法律效力取决于个人是否具备资质及工程是否属于必须招投标范围。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保协议的合法有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。