结论前置：房产证约定五年后过户但有合同和购房付款凭证的房子，在法律上通常具有效力，但具体效力及后续处理需分情况讨论。
一、合同效力
合同本身的有效性：
- 根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，只要购房合同是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方均具备相应的民事行为能力，该合同就是有效的。
- 购房付款凭证作为合同履行的一部分，进一步证明了合同的实际履行情况，增强了合同的有效性。
合同中的过户条款：
- 合同中约定的五年后过户条款，是双方对过户时间的特别约定。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。双方应按照该约定履行各自的义务。
二、物权变动
不动产物权的设立、变更、转让和消灭：
- 根据《民法典》的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，虽然购房合同有效，但在未办理过户登记前，房屋的所有权并未发生转移，仍属于原产权人。
风险与责任：
- 在未过户前，房屋若发生毁损、灭失或被第三人查封、拍卖等风险，原则上由原产权人承担。但若购房者能证明损失是由于原产权人的过错导致的，可要求原产权人承担相应的赔偿责任。
- 同时，若原产权人在未过户前将房屋再次出售或抵押给第三人，购房者可能面临无法取得房屋所有权的风险。此时，购房者可以依据有效的购房合同，要求原产权人承担违约责任，包括赔偿损失、继续履行合同等。
三、后续处理建议
及时沟通协商：
- 购房者应与原产权人保持沟通，了解过户进展情况，并催促其尽快办理过户手续。若原产权人无正当理由拒绝办理过户，购房者可考虑通过法律途径解决。
保留证据：
- 购房者应妥善保管购房合同、付款凭证等相关证据，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的纠纷中，将起到至关重要的作用。
考虑法律途径：
- 若双方无法协商一致，购房者可以向法院提起诉讼，要求原产权人继续履行合同、办理过户手续，并承担违约责任。在诉讼过程中，购房者应提供充分的证据证明自己的主张。
举例说明：假设购房者A与原产权人B签订了一份购房合同，约定五年后过户。在合同履行过程中，A已按约定支付了购房款，并保留了付款凭证。然而，五年期限届满后，B却拒绝办理过户手续。此时，A可以依据有效的购房合同和付款凭证，向法院提起诉讼，要求B继续履行合同、办理过户手续，并承担违约责任。
特殊情况说明：若购房合同中存在无效条款（如违反法律、行政法规的强制性规定），或双方在合同履行过程中存在欺诈、胁迫等情形，则可能影响合同的整体效力。此时，购房者应咨询专业律师，根据具体情况制定相应的法律策略。
总结与建议：房产证约定五年后过户但有合同和购房付款凭证的房子，在法律上通常具有效力。但购房者应密切关注过户进展情况，及时与原产权人沟通协商，并保留好相关证据。若发生纠纷，应及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。