在巨额财产来源不明罪中，差额部分将依法予以追缴。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据与追缴原则
根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条的规定，国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源。若不能说明来源，差额部分将以非法所得论处，并依法予以追缴。这一规定明确了追缴差额部分的法律依据和原则。
二、追缴的具体方式
直接追缴：
- 在司法实践中，一旦国家工作人员被认定构成巨额财产来源不明罪，且差额部分无法说明合法来源，司法机关将直接对这部分财产进行追缴。追缴的财产将上缴国库，作为非法所得予以没收。
执行程序：
- 追缴程序通常与刑事诉讼程序紧密结合。在刑事判决生效后，司法机关将依据判决结果，对差额部分进行追缴。这可能涉及对涉案财产的查封、扣押、冻结等措施，以确保财产不被转移或隐匿。
特殊情况处理：
- 如果差额部分财产已经转移或隐匿，司法机关将依法进行追查和追缴。这可能需要借助侦查手段，如调查取证、追踪资金流向等，以找回并追缴这部分财产。
- 在某些情况下，如果差额部分财产已经无法追回，司法机关可能会根据具体情况，对涉案人员采取其他法律措施，如罚款、没收其他财产等，以弥补国家损失。
三、追缴过程中的注意事项
合法性审查：
- 在追缴过程中，司法机关将严格审查涉案财产的合法性。只有那些无法说明合法来源的差额部分财产，才会被依法追缴。如果涉案人员能够提供合理的财产来源说明，并经查证属实，则这部分财产将不会被追缴。
程序公正性：
- 追缴程序必须遵循法定程序，确保公正、公平、公开。司法机关在追缴过程中，将依法保障涉案人员的合法权益，如知情权、申辩权等。同时，也将接受社会监督，确保追缴程序的合法性和正当性。
量刑考量：
- 在量刑时，法院会综合考虑案件的各种具体情况，包括差额部分的大小、涉案人员的认罪悔罪态度、是否涉及其他犯罪行为等因素。这些因素将影响对涉案人员的量刑结果，但并不会影响差额部分的追缴原则。
四、法律建议
对于国家工作人员而言，务必严格遵守法律法规，确保个人财产和支出的合法性。一旦涉嫌巨额财产来源不明罪，应积极面对并配合司法机关的调查和处理。在调查过程中，如实说明财产来源，争取从宽处理。同时，在判决生效后，应严格按照判决要求履行相关义务，包括追缴差额部分财产等，以避免不必要的法律麻烦和额外处罚。
如果您在巨额财产来源不明罪或其他刑事案件方面有任何疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。