巨额财产来源不明罪的差额计算，是以司法机关责令国家工作人员说明财产来源的时间点为基准，计算其现有财产、所有支出与能够说明来源的合法收入及其他违纪、非法收入之间的差额。以下是详细分析：

一、差额计算的基本原则

根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条第一款的规定，巨额财产来源不明罪是指国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大，且本人不能说明来源合法的行为。在计算差额时，需遵循以下原则：

1. 全面计算原则：需全面计算被调查人的现有财产、所有支出，并扣除其能够说明来源的合法收入及其他违纪、非法收入。
2. 准确计价原则：对各项财产和支出需准确计价，确保计算结果的准确性。

二、差额计算的具体方法

1. 确定财产总额：

   • 包括国家工作人员名下的现金、存款、房产、车辆、有价证券等所有财产。
   • 不仅限于被调查人名下，还包括以他人名义持有但实际控制的财产。
   • 财产应以查证属实的为准，对于无法准确估值的财产（如古董、字画等），可委托专业机构进行鉴定或评估。

2. 确定合法收入总额：

   • 包括工资、奖金、津贴、补贴等工资性收入。
   • 投资收益、租金收入等其他合法收入。
   • 合法收入应有相应的证据支持，如工资单、银行流水、投资协议等。

3. 计算所有支出：

   • 包括家庭日常支出、医疗、旅游、子女教育等全部支出。
   • 已归还贷款不计入支出，行贿金额按其他案件认定金额计算。

4. 扣除有来源的收入及本案认定的巨财以外的涉嫌犯罪所得：

   • 直接扣除货币形态的犯罪所得。
   • 非货币形态需避免重复计算。

5. 计算差额：

   • 计算公式：差额 = （现有财产 + 所有支出） - （有来源的收入 + 本案认定的巨财以外的涉嫌犯罪所得）。
   • 若差额部分达到法律规定的“差额巨大”标准（通常为30万元以上，具体标准可能因地区而异），则可能构成巨额财产来源不明罪。

三、特殊情况的处理

1. 部分说明财产来源：若行为人能部分说明财产来源，但仍有部分无法说明，则暂将无法说明的部分计入差额，待查证后调整。
2. 财产价值变动：财产价值一般以案发时市场价值为准，难以确定时可参考行为时或被查处时的价值。
3. 共同财产问题：若财产为共同财产，需合理分割，确定嫌疑人份额后计入犯罪数额。

四、法律后果

犯巨额财产来源不明罪的，将依据差额的大小及案情的严重程度，面临五年以下或五年以上十年以下的有期徒刑，同时差额部分将被追缴。

五、注意事项

1. 证据收集与审查：在办理巨额财产来源不明罪案件时，司法机关应注重证据的收集与审查，确保财产总额、合法收入总额以及差额部分的计算准确无误。
2. 说明义务：被告人有义务说明其财产的合法来源，如果无法说明或说明不合理，则应承担不利的法律后果。
3. 与其他犯罪的竞合：如果被告人的财产来源涉及其他犯罪（如贪污、受贿等），则应按照相关罪名定罪处罚，不再单独定巨额财产来源不明罪。

在处理此类案件时，建议根据具体情况咨询专业律师，以确保计算的准确性和公正性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。