结论：甲方要求乙方承担全部开票费用这一行为是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

1. 从合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，双方可自行约定费用承担方式。若双方在租赁合同中明确约定“乙方承担全部开票费用”，且该条款是双方真实意思表示（如无欺诈、胁迫等情形），则该约定合法有效，甲方无需承担费用。

2. 从税收法规角度
   根据《发票管理办法》第十九条，销售方（甲方）有义务向购买方（乙方）开具发票，这是法定义务。但法律未禁止双方通过合同约定由购买方承担实际开票产生的税费（如增值税、附加税等）。

   • 若费用仅指税费：双方约定由乙方承担税费是合法的，实践中常见此类约定（如“税后租金”条款）。
     
   • 若费用包含其他非税成本（如甲方因开票需购买税控设备、聘请财务人员等额外支出）：需区分是否合理。若费用明显超出正常开票成本（如甲方要求乙方支付高额“开票服务费”），可能被认定为变相转嫁经营成本，涉嫌违反公平原则，乙方可主张调整或撤销该条款。

3. 从公平与诚实信用原则角度
   若甲方利用优势地位（如门店稀缺性）强制要求乙方承担全部费用，且费用金额显著不合理（如超过正常税费比例），可能违反《民法典》第六条（公平原则）或第七条（诚实信用原则）。此时乙方可通过协商、诉讼或仲裁要求调整费用分担比例。

实务建议：

• 对甲方：若需约定乙方承担费用，应在合同中明确费用范围（如仅限税费），并保留相关票据（如完税证明）以证明费用合理性。
  
• 对乙方：签订合同前应核算费用比例，若发现费用明显高于正常税费（如增值税率+附加税率），可要求甲方提供费用明细或协商调整条款。
  

如有具体合同条款或费用明细需进一步分析，可直接向我提供详细信息。