核心结论：中标服务费由中标单位提交后，结算时甲方是否可以支付，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若招标文件、中标通知书或双方签订的合同中明确约定“中标服务费由中标单位承担，但结算时由甲方代付”或类似条款，则甲方可以支付。此时支付行为属于合同履行范畴，双方需按约定执行。例如：合同约定“中标单位需向招标代理机构支付服务费，甲方在最终结算时从应付工程款中扣除并代为支付”，此时甲方支付具有合法依据。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定甲方代付，则中标服务费原则上应由中标单位自行支付。此时甲方主动支付可能涉及以下法律风险：

   • 无权处分风险：若甲方未经中标单位同意，擅自将应付给中标单位的款项用于支付服务费，可能构成对中标单位财产权的侵害，需承担返还或赔偿责任。
     
   • 税务合规风险：中标服务费的支付方与发票开具方需一致。若甲方代付但发票仍开具给中标单位，可能导致甲方无法税前扣除；若发票开具给甲方，则中标单位可能因未取得发票而无法列支成本，双方均可能面临税务合规问题。
     
   • 合同变更风险：若甲方希望代付，需与中标单位协商一致并签订补充协议，明确代付金额、方式及税务处理等事项，否则可能因单方变更合同被认定为违约。

3. 实务建议

   • 事前约定：建议在招标文件或合同中明确服务费的承担方及支付方式，避免后续争议。例如约定“中标单位需在收到中标通知书后5日内向招标代理机构支付服务费，并凭发票向甲方申请等额补偿”。
     
   • 流程合规：若需甲方代付，应确保三方（甲方、中标单位、招标代理机构）签订代付协议，明确资金流向、发票开具及税务处理等细节，并留存书面证据。
     
   • 税务处理：代付时需确保发票流向与资金流向一致，避免因“三流不一致”被税务机关认定为虚开发票。

总结：甲方是否可以支付中标服务费，关键在于合同约定及双方协商。若无约定，甲方主动支付可能面临法律风险；若有约定或补充协议，则可依法履行。如有具体合同条款或场景需进一步分析，可直接向我咨询。