公司无权直接对部门经理进行罚款，若已发生罚款，部门经理可采取以下措施维护自身权益：

1. 核查公司罚款的合法性依据

   • 法律依据审查：根据《劳动合同法》及地方性法规，用人单位仅在劳动者因故意或重大过失造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过工资的20%。若公司罚款无明确制度依据或超出法定比例，则属于违法行为。
   • 制度合规性检查：若公司依据内部规章制度罚款，需确认该制度是否经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、是否公示或告知劳动者。未履行法定程序的制度对劳动者不产生约束力。

2. 与公司协商解决

   • 书面异议提出：部门经理可向公司人力资源部门或上级提交书面异议，要求公司说明罚款的具体事实依据、制度条款及计算方式，并附上相关证据（如工作记录、沟通记录等）。
   • 协商撤销或调整：若公司无法提供合法依据，可要求撤销罚款决定；若罚款金额过高，可协商调整至法定范围内。协商过程中建议保留书面沟通记录。

3. 通过劳动监察或仲裁维权

   • 劳动监察投诉：若公司拒绝协商或坚持违法罚款，可向当地劳动监察大队投诉，要求查处公司违法行为并责令退还罚款。劳动监察部门具有行政执法权，处理周期较短。
   • 劳动仲裁申请：若投诉未果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司返还罚款并赔偿损失。仲裁裁决具有法律效力，若公司不履行可申请法院强制执行。

4. 特殊情形处理

   • 严重失职导致损失：若部门经理因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》要求赔偿，但需通过司法途径确认损失金额，且赔偿额不得超过劳动者月工资的20%。
   • 刑事责任风险：若管理不当涉及职务侵占、挪用资金等刑事犯罪，公司可报警处理。但此类情形与单纯的管理不当罚款性质不同，需区分处理。

建议行动步骤：

1. 立即收集与罚款相关的所有证据（如罚款通知、工资条、工作记录等）；
2. 书面要求公司说明罚款依据并协商解决；
3. 若协商无果，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
4. 涉及重大经济损失或刑事风险的，及时咨询专业律师评估法律责任。

提示：公司以“管理不当”为由罚款时，需严格区分行政处罚与民事赔偿的界限。行政处罚权仅能由法律授权的机关行使，企业无权自行设立罚款制度。若公司制度中存在“罚款”条款，该条款可能因违法而无效。