结论：养殖基地能否盖厂房，关键在于是否遵循了合法的审批流程与土地用途规定。若未遵循，则可能构成违章建筑；若遵循，则合法。

详细分析：

1. 合法建设的前提与流程：

   • 申请与审批：在养殖基地上建设厂房，首先需向当地自然资源和规划部门以及农业农村部门提交申请，明确建设的用途（应与养殖生产直接相关，如饲料加工车间、养殖设备存放等）、规模、选址等详情。
   • 审核与规划符合性：相关部门将审核申请内容，确认其是否符合土地利用总体规划、畜牧业发展规划等政策法规要求。若申请内容符合要求，将获得用地批准。
   • 办理用地与建设手续：涉及农用地转用的，需依法办理农用地转用审批手续；使用集体土地的，还需与农村集体经济组织签订用地协议。随后，根据地方规定，办理建设工程规划许可证、施工许可证等必要的建设许可手续。
   • 合规建设：在确保所有审批文件齐全且有效后，方可按照批准内容进行建设。此时建设的厂房将被视为合法建筑。

2. 违章建筑的判定情形：

   • 改变土地用途：养殖用地具有特定用途，若未经批准擅自将其用于与养殖生产无关的活动（如工业、商业等非养殖用途），则视为改变了土地原有用途，构成违法行为，所建厂房将被认定为违章建筑。
   • 未办理或不全审批手续：即使厂房建设初衷与养殖相关，但若未按规定办理用地审批及建设许可手续（包括但不限于农用地转用审批、建设工程规划许可证等），同样会被认定为违章建筑。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：一旦被认定为违章建筑，将面临责令限期拆除、罚款甚至更严厉的行政处罚。这不仅可能导致经济损失，还可能影响企业的正常运营。
   • 建议：为避免法律风险和经济损失，建议在养殖基地上进行任何建设活动前，务必深入了解并严格遵守相关法律法规及审批程序。具体来说，可以先咨询当地政府或土地管理部门，获取具体的规定和要求，确保建设项目的合法性。同时，在建设过程中，应保留好所有审批文件和建设记录，以备不时之需。

特殊情况说明：

• 若养殖基地的土地性质已经通过合法程序变更为工业用地或建设用地，且符合当地规划要求，那么在该土地上建设厂房则是合法的。但这种情况需要满足一系列严格的条件和审批程序。

总结： 养殖基地能否盖厂房，并非一概而论，而是需要根据具体情况和法律法规进行判断。为了确保建设活动的合法性，建议在进行任何建设前，先咨询当地相关部门或专业律师，获取具体的规定和要求。若您有任何关于房产问题（包括农村土地/宅基地）的法律疑问，欢迎直接向我咨询。