关于二手房出售时将地下室分开是否合法的问题，这主要取决于地下室的产权归属、购房合同的约定以及当地的交易习惯。以下是对此问题的详细解答：

一、地下室产权归属的影响

1. 独立产权：

   • 如果地下室拥有独立的产权证书，那么它就是一个独立的不动产单元。在这种情况下，房主有权选择将房屋和地下室一并出售，或者单独出售房屋而保留地下室的所有权。这意味着，地下室是可以被合法分开出售的，但前提是必须确保交易的合法性，包括办理相关的产权过户手续。

2. 无独立产权：

   • 如果地下室没有独立产权，通常被视为房屋的附属部分。在没有特别约定的情况下，当主物（房屋）所有权转移时，从物（地下室）的所有权也会随之转移。因此，在这种情况下，地下室一般会随房屋一同出售，无法单独分开出售。

二、购房合同约定的作用

• 无论地下室是否有独立产权，购房合同中的约定都是至关重要的。如果合同中明确规定了地下室的相关权益，如使用权归属、是否随房屋一并转让等，那么双方都应按照合同约定执行。这意味着，如果合同中允许地下室分开出售，并且双方都同意这一条款，那么这种分开出售的行为就是合法的。

三、当地交易习惯的影响

• 在某些地区，可能存在特殊的房地产交易惯例或行业做法，如房屋和地下室捆绑销售。这种交易习惯可能会在一定程度上影响交易的达成。然而，如果双方对此存在争议，法律上仍会以产权归属和合同约定作为主要判断依据。因此，即使当地有捆绑销售的惯例，如果地下室没有独立产权且合同中没有特别约定，房主仍然不能强行将地下室分开出售。

四、合法出售地下室的特殊情况

• 除了上述情况外，还有一些特殊类型的地下室可以合法出售。例如，如果地下室是商品房的一部分，并且其面积被计算在商品房的建筑面积之内，那么其权益会随着房屋的出售而一并转移。虽然这类地下室没有独立的产权证书，但作为房屋的一部分，其权益已包含在房屋的整体产权中。此外，如果地下室在规划设计时即被明确为具有独立产权的建筑，并且开发商已依法取得了地下室的产权证书，那么地下室也可以作为独立的商品进行出售。

五、操作建议

• 明确产权状况：在进行房屋买卖前，务必查清地下室的产权归属情况，确保交易的合法性。
• 仔细阅读合同条款：购房合同是保障买卖双方权益的重要文件，应仔细阅读并理解其中关于地下室的约定条款。
• 协商沟通：如果双方对地下室的出售存在分歧，应积极协商沟通，寻求共识，以避免后续产生不必要的纠纷。
• 咨询专业人士：如有需要，可咨询专业的律师或房地产经纪人，以获取更准确的法律意见和交易指导。

综上所述，二手房出售时将地下室分开是否合法，取决于地下室的产权归属、购房合同的约定以及当地的交易习惯。在大多数情况下，如果地下室没有独立产权且合同中没有特别约定，那么地下室应随房屋一同出售。如果存在特殊情况或争议，建议咨询专业人士以获取更准确的法律意见。