综合工时制职工在休年假时是有工资的。以下是对这一问题的详细解析：

1. 带薪年休假的基本规定：

   • 根据《职工带薪年休假条例》及相关法律法规，无论是标准工时制还是综合工时制，只要职工在用人单位连续工作满1年，即可享受带薪年休假。这意味着，综合工时制职工同样享有这一权益。

2. 年休假天数的确定：

   • 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假为5天；
   • 已满10年不满20年的，年休假为10天；
   • 已满20年的，年休假为15天。
   • 这些规定同样适用于综合工时制职工，其年休假天数与标准工时制职工相同。

3. 综合工时制对带薪年休假的影响：

   • 综合工时制下，工作时间的计算周期虽与标准工时制不同（如以周、月、季、年为周期综合计算工作时间），但这并不影响职工依法享有的带薪年休假权益。
   • 无论综合工时制职工的工作时间如何安排，其带薪年休假的权益均不受影响，用人单位应按照规定支付年假期间的工资。

4. 年假期间工资的支付标准：

   • 在带薪年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，用人单位不得因职工休年假而降低其工资待遇。

法律建议：

• 如果用人单位未按照规定支付综合工时制职工带薪年休假期间的工资，职工有权向用人单位提出异议，并要求用人单位按照规定支付。
• 若用人单位拒不支付，职工可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：综合工时制职工在休年假时是有工资的，且工资支付标准应与正常工作期间相同。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保职工的带薪年休假权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。