结论：面对对方在事故中索要两千元交通费并威胁起诉的情况，您不必过于惊慌。首先，要判断这笔交通费是否合理合法；其次，根据判断结果采取相应的应对措施。以下是我为您详细分析的情况及建议：
一、判断交通费是否合理合法
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，交通费是指受害人及其必要的陪护人员因就医或者转院治疗实际发生的费用。交通费应当以正式票据为凭；有关凭据应当与就医地点、时间、人数、次数相符合。
判断标准：
- 必要性：交通费必须是因事故导致的必要支出，如就医、转院等。
- 合理性：交通费的金额应当合理，与实际发生的费用相符，不能过高或过低。
- 凭证要求：必须提供正式的交通费票据，如出租车发票、公共交通票据等，且票据上的信息（如时间、地点、金额）应与事故相关。
二、根据判断结果采取应对措施
如果交通费合理合法：
- 协商解决：您可以与对方进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的赔偿金额。
- 支付赔偿：如果协商成功，且您认为赔偿金额合理，可以支付赔偿并要求对方出具收据或签署赔偿协议。
- 保留证据：无论协商结果如何，都应保留好相关证据，如交通费票据、协商记录等，以备不时之需。
如果交通费不合理或无法确定其合法性：
- 拒绝支付：如果对方索要的交通费明显过高或无法提供合法凭证，您可以拒绝支付，并告知对方您将通过法律途径解决。
- 等待起诉并应诉：如果对方坚持起诉，您应积极准备应诉材料，包括事故认定书、医疗记录、交通费票据（如有）等，以证明您的立场。在应诉过程中，您可以提出对方索要的交通费不合理或无法证明其合法性的抗辩理由。
- 寻求法律帮助：如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。
三、法律后果及建议
法律后果：
- 如果法院最终认定对方索要的交通费合理合法，且您未支付，您可能需要承担支付赔偿的责任。
- 如果法院认定对方索要的交通费不合理或无法证明其合法性，您则无需支付该笔费用。
建议：
- 保持冷静：面对对方的威胁和起诉，保持冷静和理性至关重要。不要因情绪激动而做出不理智的决定。
- 积极沟通：尝试与对方进行友好沟通，寻求和解的可能性。这有助于减少不必要的法律纠纷和成本。
- 及时咨询：如果您对法律程序或赔偿问题有任何疑问或困惑，及时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总之，面对对方在事故中索要交通费并威胁起诉的情况，您应首先判断交通费的合理性和合法性，然后根据判断结果采取相应的应对措施。如有需要，请随时向我咨询相关法律问题。