作为拥有多领域法律实务经验的律师，针对公司以经营困难为由拖欠工资，员工如何质证这一问题，核心结论如下：
员工在质证时，应围绕公司提出的“经营困难”这一抗辩理由，从证据的真实性、关联性、合法性及证明力大小等方面进行全面反驳，以证明公司拖欠工资的行为缺乏合法依据。具体可从以下几个角度展开质证：
质疑公司经营困难证据的真实性
- 审查证据来源：要求公司出示其声称经营困难的相关证据，如财务报表、审计报告、税务记录等，并核实这些证据的来源是否合法、真实。若公司无法提供或提供的证据存在伪造、篡改等情形，则其抗辩理由显然不成立。
- 对比历史数据：将公司当前的经营数据与历史数据进行对比，分析其是否存在异常波动。若公司仅凭一时的业绩下滑或个别项目的亏损就主张整体经营困难，显然缺乏说服力。
质疑公司经营困难与拖欠工资的关联性
- 分析资金流向：要求公司说明其资金的具体流向，特别是是否将本应用于支付员工工资的资金挪作他用。若公司无法合理解释资金去向，或存在将资金用于非经营性支出（如高管高薪、股东分红等）的情况，则其拖欠工资的行为可能构成恶意拖欠。
- 考察其他债权人情况：了解公司是否同时拖欠其他供应商、合作伙伴的款项。若公司仅针对员工工资进行拖欠，而对其他债权人正常支付，则其“经营困难”的抗辩理由可能站不住脚。
质疑公司经营困难证据的合法性
- 审查证据形式：确保公司提供的证据符合法定形式要求，如财务报表需经会计师事务所审计并出具审计报告，税务记录需加盖税务机关公章等。若证据形式不合法，则其证明力将大打折扣。
- 核查证据内容：仔细审查证据内容，看是否存在违反法律法规或行业规范的情况。例如，若公司通过虚构交易、虚增成本等方式制造经营困难的假象，则其抗辩理由不仅不成立，还可能涉嫌违法。
强调公司拖欠工资的违法性及员工权益
- 引用法律法规：明确指出公司拖欠工资的行为违反了《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，员工有权要求公司立即支付拖欠的工资及可能的经济补偿。
- 展示员工困境：向法庭或仲裁机构展示员工因公司拖欠工资而面临的生活困境，如无法按时支付房租、子女教育费用等，以增强员工主张的合理性和紧迫性。
在质证过程中，员工应保持冷静、理性，以事实为依据，以法律为准绳，全面、有力地反驳公司的抗辩理由。若遇到复杂情况或不确定如何操作，可直接向我咨询，我将根据具体情况为你提供专业、详细的法律建议。