结论：经适房未满五年做个人抵押后，因欠债被法院查封，这一行为在法律上是存在合法性争议的，具体是否合法需结合多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、经适房抵押的合法性

1. 经适房性质与抵押限制：

   • 经济适用房（经适房）是政府为解决中低收入家庭住房问题而提供的保障性住房，其购买、转让和抵押等通常受到较为严格的限制。
   • 根据相关规定，经适房在未满一定年限（如五年）前，一般不允许上市交易或抵押，这是为了保障经适房的保障性质，防止其被滥用或投机炒作。

2. 抵押行为的效力：

   • 如果经适房在未满五年时进行了抵押，且该抵押行为未得到相关部门的批准或违反了经适房的管理规定，那么该抵押行为可能被视为无效或存在法律瑕疵。
   • 然而，如果抵押行为在双方自愿、平等、公平的基础上进行，且未违反法律法规的强制性规定（尽管可能违反了经适房的管理性规定），那么该抵押行为在民事法律关系上可能仍然有效，但可能面临行政处罚或经适房被收回等风险。

二、法院查封的合法性

1. 查封的法律依据：

   • 法院查封房产是基于债权人的申请，为了保障债权的实现而采取的强制措施。如果债务人（即经适房的所有者）未履行债务，且债权人提供了充分的证据证明债务的存在和债务人的财产状况，那么法院有权对债务人的房产进行查封。

2. 查封与经适房抵押的关系：

   • 如果经适房的抵押行为被认定为有效，且债务人未履行抵押合同约定的债务，那么债权人作为抵押权人有权申请法院对抵押物（即经适房）进行查封和拍卖，以实现其债权。
   • 如果经适房的抵押行为被认定为无效或存在法律瑕疵，那么债权人可能无法直接基于抵押合同申请法院查封经适房。但债权人仍然可以基于其他债权关系（如借款合同）申请法院查封债务人的其他财产，包括经适房（如果经适房可以视为债务人的其他财产且未受到经适房管理规定的限制）。

三、综合判断与建议

1. 综合判断：

   • 经适房未满五年做个人抵押后因欠债被法院查封是否合法，取决于抵押行为的效力以及法院查封的法律依据和程序是否合法。
   • 如果抵押行为无效或存在法律瑕疵，且法院查封的程序存在违法或不当之处，那么该查封行为可能被视为不合法。
   • 如果抵押行为有效且法院查封的程序合法，那么该查封行为则可能被视为合法。

2. 建议：

   • 对于经适房的所有者来说，应严格遵守经适房的管理规定，避免在未满年限前进行抵押或转让等行为。
   • 如果已经进行了抵押且面临法院查封的情况，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求合法的解决方案。
   • 对于债权人来说，在申请法院查封经适房前，应充分了解经适房的性质和管理规定，确保自己的债权能够得到合法有效的保障。

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