立案后若未发现违法行为，案件通常会依法终止或撤销，但具体处理方式需结合案件类型和程序阶段综合判断。以下是具体分析：

1. 刑事案件：无违法事实则撤销案件或不起诉
   若公安机关立案后经侦查发现无犯罪事实，或犯罪情节显著轻微，会依法撤销案件（《刑事诉讼法》第163条）。若案件移送检察院审查起诉后，检察院认为证据不足或无犯罪事实，会作出不起诉决定（《刑事诉讼法》第177条）。此时，当事人可申请国家赔偿（若被错误羁押），或要求公安机关出具《撤销案件决定书》以消除案底影响。

2. 民事案件：原告撤诉或法院驳回起诉
   若原告立案后主动撤诉，法院裁定准许后案件终结（《民事诉讼法》第148条）。若法院审理后认为原告无证据证明违法事实（如侵权、违约等），会判决驳回诉讼请求（《民事诉讼法》第67条）。此时，被告可要求原告承担诉讼费，并可反诉要求赔偿因诉讼产生的损失（如律师费、误工费等）。

3. 行政案件：复议或诉讼中撤销行政行为
   若当事人对行政处罚（如罚款、拘留）立案后，行政机关在复议或诉讼中自行撤销原行政行为，案件终结。若法院审理后认为行政行为违法（如证据不足、程序违法），会判决撤销或确认违法（《行政诉讼法》第70条）。此时，当事人可申请行政赔偿，或要求行政机关恢复名誉、消除影响。

关键提醒：

• 若案件已进入执行阶段（如民事判决强制执行），即使原违法事实不成立，当事人仍需通过执行异议程序申请终止执行（《民事诉讼法》第232条）。
  
• 若立案后发现存在“程序瑕疵”（如超期羁押、非法取证），当事人可向检察院申请立案监督，或向法院申请排除非法证据（《刑事诉讼法》第58条）。
  

如有具体案件类型或程序阶段需要进一步分析，可直接向我说明细节，我会结合法律条文和实务经验为您详细解答。