辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算，而非实发工资。同时，部分工资不通过对公账户，而是私发的情况，在计算经济补偿金时，这部分私发的工资也应纳入应发工资的范畴。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与规定

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

二、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。无论工资是否通过对公账户发放，只要是劳动者应得的工资，都应纳入应发工资的范畴。
2. 实发工资：是劳动者实际到手的工资，即应发工资扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。实发工资不用于计算经济补偿金。

三、为何以应发工资为计算基数

1. 体现劳动价值：应发工资更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值，包括基本工资、奖金、津贴等各项收入。
2. 保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
3. 法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。

四、特殊情况下的处理

1. 高收入限制：若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍，那么经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且补偿年限最高不超过十二年。
2. 违法解除情形：如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，那么需要按照上述标准的两倍向劳动者支付赔偿金。
3. 工资发放形式：无论工资是通过银行转账、现金发放还是其他形式，只要是劳动者应得的工资，都应纳入应发工资的范畴，用于计算经济补偿金。

五、实际案例说明

假设员工小李每月基本工资6000元，加上奖金1000元和各项补贴500元，那么他的应发工资为7500元。若当月扣除个人所得税200元、社保个人缴纳部分400元、住房公积金个人缴纳部分600元，其实发工资为6300元。在辞退计算经济补偿时，应以7500元（应发工资）为准，而非6300元（实发工资）。如果小李的部分工资是通过现金或其他非对公账户形式发放的，这部分工资也应纳入应发工资的范畴。

综上所述，辞退员工的经济补偿金是按照劳动者的应发工资来计算的，且无论工资发放形式如何，都应纳入应发工资的范畴。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。