结论：丈夫出轨两年后申诉是否有效，需根据具体申诉事项及法律规定来判断。若涉及离婚诉讼中的过错赔偿，一般需在离婚时提出；若涉及重婚或与他人同居等法定离婚情形，且符合诉讼时效规定，则可能有效。
分析说明：
若申诉事项为离婚诉讼中的过错赔偿：
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，夫妻一方因另一方重婚、与他人同居等重大过错导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿。但这一请求通常需在离婚诉讼中一并提出。
- 时效问题：若离婚时未提出损害赔偿请求，离婚后才发现对方有过错行为并希望获得赔偿的，根据法律规定，需在发现或应当发现对方过错之日起一定期限内（通常为一年，但具体需根据法律规定及案件情况判断）提出，否则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。因此，若丈夫出轨两年后才提出申诉要求过错赔偿，且离婚时未提出，可能因超过时效而无法获得支持。
若申诉事项为基于重婚或与他人同居等法定离婚情形的离婚诉讼：
- 法律依据：根据《民法典》，重婚或与他人同居是法定离婚情形之一。若丈夫的行为构成重婚或与他人同居，且这一行为持续存在或对婚姻关系造成了严重破坏，妻子有权提起离婚诉讼。
- 时效问题：在此情况下，诉讼时效并非主要考虑因素，因为离婚诉讼本身不受特定时效限制（但需注意，若涉及财产分割等请求，可能需考虑相关时效规定）。关键在于证明丈夫的行为构成法定离婚情形，且这一行为对婚姻关系造成了不可挽回的损害。因此，若丈夫出轨两年后，妻子仍能提供充分证据证明其存在重婚或与他人同居等行为，且这些行为对婚姻关系造成了严重破坏，那么她的离婚申诉可能是有效的。
特殊场景：
- 若丈夫的出轨行为同时涉及刑事犯罪（如重婚罪），则妻子可以向公安机关报案，由公安机关依法处理。在此情况下，刑事诉讼的时效问题需根据刑事法律规定来判断，与民事诉讼的时效规定不同。
行动建议：
- 若您面临此类情况，建议首先收集并保存所有可能的证据，包括丈夫的出轨证据、婚姻关系破裂的证据等。
- 咨询专业律师，根据您的具体情况和当地法律规定，制定合适的诉讼策略。
- 注意诉讼时效问题，确保在法定期限内提出相关请求。
后续思考依据：
- 在处理此类案件时，法院会综合考虑双方当事人的陈述、证据以及法律规定，作出公正判决。因此，证据的充分性和合法性至关重要。
- 不同地区的法院可能对类似案件有不同的裁判观点和标准，因此了解当地法院的裁判倾向和案例也是制定诉讼策略的重要参考。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。